当前解析结果
SmilChr05G002508| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002508 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002508 |
| 描述 | protein EXORDIUM-like 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 27816193 - 27817604 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026307 |
|---|---|
| GeneID | 131026307 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026307 |
| 原始查询 | LOC131026307 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein EXORDIUM-like 7 |
| 产物 | protein EXORDIUM-like 7 |
| Arabidopsis | AT2G35150 (EXL7)EXORDIUM like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818081] identity=63.6; qcov=1.01; evalue=2.91e-142; confidence=high |
| Rice | Os07g0496700 (OJ1457_D07.124)- identity=58.2; qcov=0.908; evalue=1.27e-113; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04674 (Phi_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026307 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057812130.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057812130.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057812130.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812130.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812130.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:27816511 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B37,C42 |
Chr5:27816600 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B78,D11 |
Chr5:27816600 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B78,D11 |
Chr5:27816615 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D10 |
Chr5:27816615 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:27816646 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B106,B139,C36 |
Chr5:27816651 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B49,C6,D7 |
Chr5:27816651 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B49,C6,D7 |
Chr5:27816654 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B37,C42 |
Chr5:27816654 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B37,C42 |
Chr5:27816657 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 65 | A1,A13,A14,A22,B10,B103,B105,B106,B108,B11,B113,B121,B122,B124,B131,B135,B139,B17,B19,B2,B26,B34,B46,B47,B5,B50,B56,B61,B64,B65,B69,B73,B8,B86,B94,B96,B99,C16,C18,C19,C2,C20,C29,C30,C32,C35,C36,C37,C38,C4,C43,C44,C48,C52,C57,C59,C64,C66,C68,C72,C74,C87,D10,D2,D8 |
Chr5:27816659 |
C |
CCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A20,A6,B107,C28 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812130.1PF04674
Phi_1 47-322 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812130.1 |
Pfam | PF04674 |
Phi_1 | Family | 47 | 322 | 4.4e-99 | 332.0 | Phosphate-induced protein 1 conserved region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。