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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002508

染色体: Chr05 坐标: 27816193-27817604 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002508
名称SmilChr05G002508
描述protein EXORDIUM-like 7
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27816193 - 27817604 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026307
GeneID131026307
locus_tag-
NCBI NameLOC131026307
原始查询LOC131026307

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein EXORDIUM-like 7
产物protein EXORDIUM-like 7
ArabidopsisAT2G35150 (EXL7)
EXORDIUM like 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818081]
identity=63.6; qcov=1.01; evalue=2.91e-142; confidence=high
RiceOs07g0496700 (OJ1457_D07.124)
-
identity=58.2; qcov=0.908; evalue=1.27e-113; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04674 (Phi_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057812130.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057812130.1
3 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057812130.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812130.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812130.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27816511 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C42
Chr5:27816600 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B78,D11
Chr5:27816600 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B78,D11
Chr5:27816615 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr5:27816615 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr5:27816646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B139,C36
Chr5:27816651 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B49,C6,D7
Chr5:27816651 GC G 1bp_deletion CDS_variant 3 B49,C6,D7
Chr5:27816654 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B37,C42
Chr5:27816654 C CG 1bp_insertion CDS_variant 2 B37,C42
Chr5:27816657 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 65 A1,A13,A14,A22,B10,B103,B105,B106,B108,B11,B113,B121,B122,B124,B131,B135,B139,B17,B19,B2,B26,B34,B46,B47,B5,B50,B56,B61,B64,B65,B69,B73,B8,B86,B94,B96,B99,C16,C18,C19,C2,C20,C29,C30,C32,C35,C36,C37,C38,C4,C43,C44,C48,C52,C57,C59,C64,C66,C68,C72,C74,C87,D10,D2,D8
Chr5:27816659 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 4 A20,A6,B107,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812130.1
327 aa
N
1
164
327
Phi_1
C
PF04674 Phi_1 47-322 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812130.1 Pfam PF04674 Phi_1 Family 47 322 4.4e-99 332.0 Phosphate-induced protein 1 conserved region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956147.1
ACTCCCCCTAAATCACGTCCAATATATAAGTAAAGTTTGAAATTTCTACTTTAGCAGTAGCCTTATTTCAACTGTGGGGAAAGGAATAATTAAAGAAAAAAAGTGTAACATGCTCATCAATTAAAAGTAGGCAATGATGAATATGAATTATGTTGAACATGCTGCCATTAGCCCACCACACAAGGTATAGAAGAATCCTTTTCACCACCCACACACACACACTCTCTCTCTATTTATATGAGATATTTGTAGCATAGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026307
ATGATCCAAAACCTACATTATCTCCTAACCCTAGTGTTGTATGCCTCATATTTTGTTGCAATTTCAAGCAGCCAAAAGCAAGCAAATTATTATTACAATCAAGAAAAGAACTATGAAGGATCATCAGACCTCATAGACCTTAAATACCACATGGGACCAGTCCTTGCATCCCCAATCAACCTCTACATAATCTGGTATGGGAGATGGGATCCCAAACATGAATCCACCATCACAGATTTCATCTTGAGCATTTCATCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812130.1
MIQNLHYLLTLVLYASYFVAISSSQKQANYYYNQEKNYEGSSDLIDLKYHMGPVLASPINLYIIWYGRWDPKHESTITDFILSISSEAPYPSVADWWRTVSLYADQTGSNVTRKVALSGHFHDAAYSHGRYLTRLSMQSIIKTNALPLNYRNGLYLVLTSHDVQVQDFCRAVCGFHYFTFPSVAGVTVPYAWIGHSGAQCPGMCAYPFAWPGGPGPLPRGSGIMGPPNGDPGTDGMISVIAHELAEVSSNPLINAWYAGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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