当前解析结果
SmilChr05G002597| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002597 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002597 |
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 29187489 - 29188274 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026349 |
|---|---|
| GeneID | 131026349 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026349 |
| 原始查询 | LOC131026349 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| 产物 | cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1-like |
| Arabidopsis | AT1G47960 (C/VIF1)cell wall / vacuolar inhibitor of fructosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841214] identity=39.2; qcov=0.718; evalue=9.91e-38; confidence=medium |
| Rice | -- |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026349 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057812186.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057812186.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812186.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812186.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812186.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:29187670 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 127 | A11,A13,A14,A16,A2,A20,A21,A22,A6,A8,A9,B10,B104,B105,B106,B108,B110,B111,B112,B114,B118,B12,B120,B122,B123,B126,B130,B131,B134,B137,B138,B139,B14,B15,B17,B19,B20,B21,B25,B29,B31,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B49,B50,B52,B55,B56,B57,B60,B65,B67,B69,B71,B73,B75,B77,B79,B84,B85,B87,B9,B91,B94,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C21,C23,C24,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C38,C39,C4,C47,C53,C54,C58,C6,C62,C64,C69,C7,C70,C71,C72,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8,D9 |
Chr5:29187682 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 33 | A11,A16,A20,A8,B118,B12,B120,B126,B128,B14,B19,B31,B34,B38,B39,B44,B55,B67,B70,B79,B85,B96,C15,C18,C27,C29,C39,C53,C54,C7,C77,C79,D2 |
Chr5:29187686 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B65 |
Chr5:29187686 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr5:29187801 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,B91 |
Chr5:29187851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr5:29187869 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:29187909 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:29187933 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B140,B18,B37,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812186.1PF04043
PMEI 62-198 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812186.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 62 | 198 | 2.1e-15 | 57.9 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。