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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002610

染色体: Chr05 坐标: 29358697-29365128 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002610
名称SmilChr05G002610
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29358697 - 29365128 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026360
GeneID131026360
locus_tag-
NCBI NameLOC131026360
原始查询LOC131026360

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2
ArabidopsisAT4G20790 (AT4G20790)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827827]
identity=46.9; qcov=0.973; evalue=8.58e-154; confidence=high
RiceOs09g0423200
-
identity=26.7; qcov=0.916; evalue=6.5e-24; confidence=low
GOGO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057812210.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812210.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812210.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812210.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812210.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29363212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr5:29363269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:29363321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B49,C22,C47,C6
Chr5:29363618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29363624 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29363702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C86
Chr5:29363713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B93
Chr5:29363786 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29363792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B117,B140,B25,B46
Chr5:29363831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:29363861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:29363903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812210.1
511 aa
N
1
256
511
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 270-396 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812210.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 270 396 9.6e-12 45.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956227.1
TTCTGTTGCATCCAGGAACAGTAGATACAGATTTATCAAGACCGTTTCAGAGGAATGTTGCAGAAGGCAAGCTCTTCACCAAAGAGTTTTCTGTCCAGAAATTGCTGGGCATCATTAACAGTGTGAAAGCATCTGATAACGCATGGCCTCCATCTCTGCAAAAACCGTTGCTTTCTTCCCAATCTTGATTGCAATCTCAATTCCCACGACGTTCACGGCAACGGTGGTGGAAGACCTGAACAACCTGCAGCCTCCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026360
ATGGCCTCCATCTCTGCAAAAACCGTTGCTTTCTTCCCAATCTTGATTGCAATCTCAATTCCCACGACGTTCACGGCAACGGTGGTGGAAGACCTGAACAACCTGCAGCCTCCGCCGGATTTCAACGCCACCATCACAAACAACTGCCGAAACAACCCTTCTCTCCGATACTGCAACTCCACCCCTTTCAATCTTGTCCAGATTTTCAAGTCCACCATCGTGGCGAGCCATCTGTGCAACATCTCCAACAATCCCAACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812210.1
MASISAKTVAFFPILIAISIPTTFTATVVEDLNNLQPPPDFNATITNNCRNNPSLRYCNSTPFNLVQIFKSTIVASHLCNISNNPNCVESFPKIDLRGRPKIAPLYLSLDFFWRYCPLTILSIDLSNNSLQGSFPQDVFYCSQIRSLDLSLNRLSGDVPLHKLSSLQNLTSLNLSYNAFSECRISETRFFDRFNSSSFLHSGLLPDHRELRLRMVAFLVGFPAAVIAAVVCFLWCCFWRGGGEGGHRFKAWVLEEASKGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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