Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002609`

染色体: Chr05 坐标: 29357007-29359215 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002609`
名称	SmilChr05G002609
描述	uncharacterized SmilChr05G002609
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	29357007 - 29359215 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026361`
GeneID	`131026361`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026361`
原始查询	`LOC131026361`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827824]; symbol=AT4G20760; hit=AT4G20760; species=arabidopsis; confidence=high
产物	NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827824]; symbol=AT4G20760; hit=AT4G20760; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G20760` (AT4G20760) NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827824] identity=76.6; qcov=0.856; evalue=6.85e-154; confidence=high
Rice	`Os12g0609500` - identity=70.3; qcov=0.839; evalue=6.6e-131; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00106 (adh_short); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057812211.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057812211.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812211.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812211.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812211.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:29357812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B69,B9
`Chr5:29358277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr5:29358424`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B38
`Chr5:29358424`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B38
`Chr5:29358437`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr5:29358484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C42,C86
`Chr5:29358763`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C42,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812211.1

305 aa

152

305

adh_short

adh_short_C2

PF00106 adh_short 54-262 aa PF13561 adh_short_C2 57-263 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812211.1`	Pfam	`PF00106`	adh_short	Domain	54	262	1.1e-24	87.7	short chain dehydrogenase
`XP_057812211.1`	Pfam	`PF13561`	adh_short_C2	Domain	57	263	1.4e-17	64.8	Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956228.1
AACGACGTCGCTGCAACAGGGGTCACATTTAAGCGCACGCACTAGATTGAGAGCTCAATTCTGTCTGTTTATTCACAGTTGGTGTAGATAATGGAAGCTTTTGGAACTCATCTTATGACAAAATCAAACACGATAATGAAGCTGAATTTAGTGGGACAATGTGTTTTGATGGGGCGGCGCCTCTTGAATCCGTTTTGCGGTGGCCGCGCGTTTTCTTCTGTGGTTAATCAATGGGACGGCGGTGTTTCGATGGTGCAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026361
ATGGAAGCTTTTGGAACTCATCTTATGACAAAATCAAACACGATAATGAAGCTGAATTTAGTGGGACAATGTGTTTTGATGGGGCGGCGCCTCTTGAATCCGTTTTGCGGTGGCCGCGCGTTTTCTTCTGTGGTTAATCAATGGGACGGCGGTGTTTCGATGGTGCAAGGTGCATCCAGAGGCATCGGCCTTGAATTCGTTAAACAGTTGTTAGAGAAAAGCAACAAAGGGCATGTTGTGGCAACTTGCCGTAATCCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812211.1
MEAFGTHLMTKSNTIMKLNLVGQCVLMGRRLLNPFCGGRAFSSVVNQWDGGVSMVQGASRGIGLEFVKQLLEKSNKGHVVATCRNPSKATELLDLKNKFAERLDIHKLDLTIDSTIEETAKSVRDKYGYLNLLVNASGILTVPNVMQPETTLNKVERASLLLAYEVNAVGPILVIKHMWPLLKAGGGTGTERETAIVASVSARVGSIGDNRLGGWHSYRASKSGLNQLSRTVSVEFARKKDPIICILLHPGTVDTDLSRP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器