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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002649`

染色体: Chr05 坐标: 29977202-29978950 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002649`
名称	SmilChr05G002649
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	29977202 - 29978950 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026377`
GeneID	`131026377`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026377`
原始查询	`LOC131026377`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
产物	tetrahydroberberine oxidase-like
Arabidopsis	`AT5G44400` (AT5G44400) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834466] identity=49.4; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=45.3; qcov=0.983; evalue=9.36e-156; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026377

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057812228.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057812228.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812228.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812228.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812228.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:29977236`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	61	A13,A20,A21,A24,A3,A5,A9,B104,B119,B123,B124,B126,B130,B131,B134,B135,B136,B138,B19,B21,B27,B3,B46,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B57,B67,B76,B78,B81,B87,B90,B92,B93,B99,C13,C2,C20,C28,C3,C33,C38,C4,C44,C45,C46,C50,C52,C55,C59,C60,C78,C85,C87,D3,D7,D9
`Chr5:29977337`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B30,B33,C45,C75
`Chr5:29977362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,C8
`Chr5:29977410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:29977966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,D11
`Chr5:29978115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:29978198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C74
`Chr5:29978465`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A21,A9,B104,B106,B119,B123,B129,B134,B139,B21,B3,B87,C17,C3,C36
`Chr5:29978483`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C12
`Chr5:29978483`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C12
`Chr5:29978512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr5:29978679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812228.1

543 aa

272

543

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 87-223 aa PF08031 BBE 482-540 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812228.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	87	223	1.4e-25	90.4	FAD binding domain
`XP_057812228.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	482	540	5.3e-20	71.8	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956245.1
AATTTGATAGTAAAATCTATAAATGGGACATGGATGAAACTAGTTTCCACAATCAGATAATCATGAAAGCTCCGAGCATTTTATCTCTCACTTTCATACTTCTTGCCATCATTTCGTGCTCCCGAGCATCATCTTGTGCTGATGATTTCCTTCAATGTTTGCGCAAAGAATTCCACAACTACTCTTCCATTTCCAACAACATCTACACCCCAATCAACTCTTCTTATTCATCTATCTTGCAATTAACCATCCAGAATCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026377
ATGGATGAAACTAGTTTCCACAATCAGATAATCATGAAAGCTCCGAGCATTTTATCTCTCACTTTCATACTTCTTGCCATCATTTCGTGCTCCCGAGCATCATCTTGTGCTGATGATTTCCTTCAATGTTTGCGCAAAGAATTCCACAACTACTCTTCCATTTCCAACAACATCTACACCCCAATCAACTCTTCTTATTCATCTATCTTGCAATTAACCATCCAGAATCCGAGATTCGCCTCAGATCCTACTCCATCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812228.1
MDETSFHNQIIMKAPSILSLTFILLAIISCSRASSCADDFLQCLRKEFHNYSSISNNIYTPINSSYSSILQLTIQNPRFASDPTPSPLIIITPQHESQIPPLIHCAKESGLQIRTRSGGHDFEGLSYLSQVPFVIIDLIKFNEIKVDVEHKTAWVGVGATIGSLYYAIAERSPILGFPAGICPTVGLGGYFSGGGYGTMMRKYGLAADNVIDARIIDVNGRLLGRESMGEDLFWAIRGGGGASFGVIVAWKVQLVDVPKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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