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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002639`

染色体: Chr05 坐标: 29796256-29798104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002639`
名称	SmilChr05G002639
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	29796256 - 29798104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026380`
GeneID	`131026380`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026380`
原始查询	`LOC131026380`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
产物	tetrahydroberberine oxidase-like
Arabidopsis	`AT4G20820` (AT4G20820) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827830] identity=49.2; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=47.2; qcov=1.01; evalue=1.12e-163; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026380

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057812231.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057812231.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812231.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812231.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812231.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:29796377`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B108,B4,B42,B43,B94,C54,C61,C72,C73,D4
`Chr5:29796392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr5:29796447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:29796486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B121,B25,B50,C42,C43
`Chr5:29796698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C52,D8
`Chr5:29796766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,B76,B78,C46,C65
`Chr5:29796881`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B13
`Chr5:29796881`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B13
`Chr5:29796927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B68,B89,C26,C87
`Chr5:29796975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr5:29797200`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:29797320`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812231.1

537 aa

268

537

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 81-217 aa PF08031 BBE 476-534 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812231.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	81	217	2.7e-23	82.9	FAD binding domain
`XP_057812231.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	476	534	1.6e-20	73.5	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956248.1
CTTTTCCTATAAGTAGATTAATGATGGAGTCTCATTTAAACACAAAATCATCGTCATCATTCAATCATGAAGAGTCCTAACATTTCCACACTCTCATTCATTCTTGTTCTTCTTCTCATCTCTTTGTCCTCTCCCGCAGCTTCTGCTGCCTATAAGCACCGAGATTTTCTTGAATGTCTAACCCAACAATTCAAGAACTATTCTTCGATTTCAAGCAACGTTTACACCCCCACAAACACATCATACTCTTCCGTTCTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026380
ATGAAGAGTCCTAACATTTCCACACTCTCATTCATTCTTGTTCTTCTTCTCATCTCTTTGTCCTCTCCCGCAGCTTCTGCTGCCTATAAGCACCGAGATTTTCTTGAATGTCTAACCCAACAATTCAAGAACTATTCTTCGATTTCAAGCAACGTTTACACCCCCACAAACACATCATACTCTTCCGTTCTTCGATTTTCCATCCAAAGTTTAAGATTCACCTCAGATTCTACTCCAAAACCGCTCGTAATTTTACAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812231.1
MKSPNISTLSFILVLLLISLSSPAASAAYKHRDFLECLTQQFKNYSSISSNVYTPTNTSYSSVLRFSIQSLRFTSDSTPKPLVILQPEYESQIPPIICCAKSSGLQIRTRSGGHDYEGLSYVAQVPFVILDLINLSEIKVDAAEKTAWVGSGSTTGSVYYRVAEKSPVLGFPAGVCTTIGIGGHFSGGGYGTLMRKYGLAADQVIDARIVDVNGRILDRESMGEELFWAIRGGGGASFGVILAWKVQLVDVPEKVTVFSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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