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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002628

染色体: Chr05 坐标: 29614754-29616894 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002628
名称SmilChr05G002628
描述patellin-4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29614754 - 29616894 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026388
GeneID131026388
locus_tag-
NCBI NameLOC131026388
原始查询LOC131026388

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述patellin-4
产物patellin-4
ArabidopsisAT1G30690 (AT1G30690)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839949]
identity=52.6; qcov=1.12; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0874700 (P0698A10.10-2)
-
identity=50.1; qcov=0.737; evalue=5.38e-119; confidence=high
GOGO:0008289 (lipid binding)
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N); PF25099 (GOLD_PATL1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026388

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812239.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812239.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812239.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812239.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812239.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29614990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29615016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B140
Chr5:29615340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C76,C9,D3
Chr5:29615348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B103,B13,B136,B18
Chr5:29615506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:29615552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:29615898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C42,C86
Chr5:29616087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr5:29616329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr5:29616448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B9
Chr5:29616491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr5:29616545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B136,B18,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812239.1
483 aa
N
1
242
483
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
GOLD_PATL1_C
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 131-184 aa PF00650 CRAL_TRIO 210-363 aa PF25099 GOLD_PATL1_C 385-470 aa
XP_057812240.1
482 aa
N
1
241
482
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
GOLD_PATL1_C
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 131-184 aa PF00650 CRAL_TRIO 210-363 aa PF25099 GOLD_PATL1_C 385-469 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812239.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 131 184 5.7e-09 36.7 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057812239.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 210 363 1.2e-27 97.3 CRAL/TRIO domain
XP_057812239.1 Pfam PF25099 GOLD_PATL1_C Domain 385 470 4.3e-33 113.7 Patellin-1-like, C-terminal GOLD domain
XP_057812240.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 131 184 5.6e-09 36.7 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057812240.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 210 363 1.3e-27 97.2 CRAL/TRIO domain
XP_057812240.1 Pfam PF25099 GOLD_PATL1_C Domain 385 469 1.3e-33 115.4 Patellin-1-like, C-terminal GOLD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956257.1
AAAGACATGACCGTTGTGGGACCTCCTATTTCGCCTTTCAAACAAAATTACATAAATAACCGTTGCACCTCTCTTCACTTCTCATCATCTCATTCCTGCTAAACCCTCAACAGCATAGTAAAATTTTGAAGAAAGCCAATTAATCAATCAGATAGGATGACTGTTGAGGTTGAGTGTAAGGCTGAGGCGGTGCAGGTGGCGGTGGAGCCGGTGAAGGCGGCGGCCGAAGAAGTGAAATGCGAGAAGGATGAAAGCAAGCC...
XM_057956256.1
AAAGACATGACCGTTGTGGGACCTCCTATTTCGCCTTTCAAACAAAATTACATAAATAACCGTTGCACCTCTCTTCACTTCTCATCATCTCATTCCTGCTAAACCCTCAACAGCATAGTAAAATTTTGAAGAAAGCCAATTAATCAATCAGATAGGATGACTGTTGAGGTTGAGTGTAAGGCTGAGGCGGTGCAGGTGGCGGTGGAGCCGGTGAAGGCGGCGGCCGAAGAAGTGAAATGCGAGAAGGATGAAAGCAAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026388
ATGACTGTTGAGGTTGAGTGTAAGGCTGAGGCGGTGCAGGTGGCGGTGGAGCCGGTGAAGGCGGCGGCCGAAGAAGTGAAATGCGAGAAGGATGAAAGCAAGCCTAAGACGGTGGAGAAAAGCTCTTCCTACAGAGAAGAGAGCAATTTCCTCTCCGATCTGAAAGAGCACGAGAAGAAGGCATTGAACGACCTCAAAACCAAGCTCGAAGAAGCCATTCTCGGAAACGCCATTTTCAAGAAGAAGGAGACGCCCAAAAA...
LOC131026388
ATGACTGTTGAGGTTGAGTGTAAGGCTGAGGCGGTGCAGGTGGCGGTGGAGCCGGTGAAGGCGGCGGCCGAAGAAGTGAAATGCGAGAAGGATGAAAGCAAGCCTAAGACGGTGGAGAAAAGCTCTTCCTACAGAGAAGAGAGCAATTTCCTCTCCGATCTGAAAGAGCACGAGAAGAAGGCATTGAACGACCTCAAAACCAAGCTCGAAGAAGCCATTCTCGGAAACGCCATTTTCAAGAAGAAGGAGACGCCCAAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057812239.1
MTVEVECKAEAVQVAVEPVKAAAEEVKCEKDESKPKTVEKSSSYREESNFLSDLKEHEKKALNDLKTKLEEAILGNAIFKKKETPKKPAEEKPAEASEEVAEKKEECGGDEAPKPTEVCEEEIAKKEECEAVEKCEAEAVDEDISIWGVPLLPSKGNESTNVVLLKFLRAREFKVHDALEMLKKTLQWRKEFKIDTLLEEEFEADLAAAAYMSGVDREGHPICYNIFGVLDEKTVATEEKREQFLRWRVQLMEKGVEKLD...
XP_057812240.1
MTVEVECKAEAVQVAVEPVKAAAEEVKCEKDESKPKTVEKSSSYREESNFLSDLKEHEKKALNDLKTKLEEAILGNAIFKKKETPKKPAEEKPAEASEEVAEKKEECGGDEAPKPTEVCEEEIAKKEECEAVEKCEAEAVDEDISIWGVPLLPSKGNESTNVVLLKFLRAREFKVHDALEMLKKTLQWRKEFKIDTLLEEEFEADLAAAAYMSGVDREGHPICYNIFGVLDEKTVATEEKREQFLRWRVQLMEKGVEKLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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