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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002560

染色体: Chr01 坐标: 43740300-43741517 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002560
名称SmilChr01G002560
描述homeobox protein HD1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向43740300 - 43741517 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026437
GeneID131026437
locus_tag-
NCBI NameLOC131026437
原始查询LOC131026437

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述homeobox protein HD1-like
产物homeobox protein HD1-like
ArabidopsisAT1G62990 (KNAT7)
homeobox knotted-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842602]
identity=54; qcov=1.2; evalue=3.59e-74; confidence=high
RiceOs03g0123500 (HB365)
-
identity=53.8; qcov=1.18; evalue=2.51e-71; confidence=high
GOGO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00046 (Homeodomain); PF03790 (KNOX1); PF05920 (Homeobox_KN)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026437

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812291.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057812326.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057812313.1
4 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057812305.1
5 Centriole Centriole 0.20000 XP_057812313.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:43740773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:43740913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,C33,C41,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812291.1
255 aa
N
1
128
255
KNOX1
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa PF05920 Homeobox_KN 200-239 aa PF00046 Homeodomain 207-239 aa
XP_057812298.1
233 aa
N
1
116
233
KNOX1
Homeobox_KN
Homeodomain
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa PF05920 Homeobox_KN 178-217 aa PF00046 Homeodomain 185-217 aa
XP_057812305.1
224 aa
N
1
112
224
KNOX1
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa
XP_057812313.1
211 aa
N
1
106
211
KNOX1
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa
XP_057812319.1
202 aa
N
1
101
202
KNOX1
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa
XP_057812326.1
189 aa
N
1
94
189
KNOX1
C
PF03790 KNOX1 8-48 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812291.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 8.6e-16 58.1 KNOX1 domain
XP_057812291.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 200 239 4.9e-19 68.6 Homeobox KN domain
XP_057812291.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 207 239 1.9e-05 25.1 Homeodomain
XP_057812298.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 7.6e-16 58.3 KNOX1 domain
XP_057812298.1 Pfam PF05920 Homeobox_KN Family 178 217 4.1e-19 68.9 Homeobox KN domain
XP_057812298.1 Pfam PF00046 Homeodomain Domain 185 217 1.6e-05 25.3 Homeodomain
XP_057812305.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 6.6e-16 58.5 KNOX1 domain
XP_057812313.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 5.8e-16 58.7 KNOX1 domain
XP_057812319.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 5.6e-16 58.7 KNOX1 domain
XP_057812326.1 Pfam PF03790 KNOX1 Family 8 48 4.9e-16 58.9 KNOX1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956315.1
AGATGGAATTAATTGGCCTACATTAGAGTTGTGTTGAAAAGTAAAGTGTAACCCCACCACATAGTCCATAGAGAATCATTCTTACCATTTTTCTTCACACAGATGTAAATATATACTATAGTGTGAGATGTGCAAAGCATTGAGATGGCGAATTCCGGGCAGCAGCTGAAGGCGGAGATCGCGGGGCACCCTCTGTGCGAGCAGCTGGTAGCGGCCCACGTGGCGTGCCTACGCGTGGCCACGCCTATCGATGAGCTTCC...
XM_057956343.1
ACATTAGAGTTGTGTTGAAAAGTAAAGTGTAACCCCACCACATAGTCCATAGAGAATCATTCTTACCATTTTTCTTCACACAGATGTAAATATATACTATAGTGTGAGATGTGCAAAGCATTGAGATGGCGAATTCCGGGCAGCAGCTGAAGGCGGAGATCGCGGGGCACCCTCTGTGCGAGCAGCTGGTAGCGGCCCACGTGGCGTGCCTACGCGTGGCCACGCCTATCGATGAGCTTCCCAACATTGAGGCTCAGCTG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131026437
ATGGCGAATTCCGGGCAGCAGCTGAAGGCGGAGATCGCGGGGCACCCTCTGTGCGAGCAGCTGGTAGCGGCCCACGTGGCGTGCCTACGCGTGGCCACGCCTATCGATGAGCTTCCCAACATTGAGGCTCAGCTGTGTGAGTCTCAGCATCTCCTCCGCTCTTATGCTCAAACCGCCACTCACTCTCTCTCTAAACACCAATCCCAACAACTTGAGACCCTCTTGAGGCAGTATGTATTGGCGTTATGGTCGTTGAAGGA...
LOC131026437
ATGGCGAATTCCGGGCAGCAGCTGAAGGCGGAGATCGCGGGGCACCCTCTGTGCGAGCAGCTGGTAGCGGCCCACGTGGCGTGCCTACGCGTGGCCACGCCTATCGATGAGCTTCCCAACATTGAGGCTCAGCTGTGTGAGTCTCAGCATCTCCTCCGCTCTTATGCTCAAACCGCCACTCACTCTCTCTCTAAACACCAATCCCAACAACTTGAGACCCTCTTGAGGCAGTATGTATTGGCGTTATGGTCGTTGAAGGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057812291.1
MANSGQQLKAEIAGHPLCEQLVAAHVACLRVATPIDELPNIEAQLCESQHLLRSYAQTATHSLSKHQSQQLETLLRQYVLALWSLKEQLHQHVNRCREIEHTFISLTGNALYPQSFFHQLAFHPNSLGAGARVGEGSGATMWEDDEEHSERALVERVRKKLKIELKEGFKSRIQQVRDEISRKRRSGKLADDTTDILKNWWHHHSNWPYPTEDEKADLVERTGLELKQINNWFINQRKRKWQNSNASRSKNNTYS
XP_057812298.1
MANSGQQLKAEIAGHPLCEQLVAAHVACLRVATPIDELPNIEAQLCESQHLLRSYAQTATHSLSKHQSQQLETLLRQYVLALWSLKEQLHQHVNRCREIEHTFISLTGARVGEGSGATMWEDDEEHSERALVERVRKKLKIELKEGFKSRIQQVRDEISRKRRSGKLADDTTDILKNWWHHHSNWPYPTEDEKADLVERTGLELKQINNWFINQRKRKWQNSNASRSKNNTYS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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