Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002707`

染色体: Chr05 坐标: 31115632-31121116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002707`
名称	SmilChr05G002707
描述	polyadenylate-binding protein-interacting protein 9-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	31115632 - 31121116 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026445`
GeneID	`131026445`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026445`
原始查询	`LOC131026445`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	polyadenylate-binding protein-interacting protein 9-like
产物	polyadenylate-binding protein-interacting protein 9-like
Arabidopsis	`AT3G14450` (CID9) CTC-interacting domain 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820668] identity=60.2; qcov=0.933; evalue=4.92e-124; confidence=high
Rice	`Os08g0116400` (P0470F10.8-1) - identity=59.2; qcov=0.865; evalue=7.46e-109; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026445

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057812297.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057812297.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057812297.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057812297.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057812297.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:31116009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B102,B34,C77
`Chr5:31117207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B114,B17,B25
`Chr5:31119291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B136
`Chr5:31119308`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr5:31120189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C42,C86
`Chr5:31120291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B9,C5
`Chr5:31120343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B9,C5,C83
`Chr5:31120472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,B9
`Chr5:31120483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B132,B38,B9
`Chr5:31120485`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B25
`Chr5:31120486`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B132,B38,B9
`Chr5:31120506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B9,B96,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812297.1

326 aa

163

326

RRM_1

PF00076 RRM_1 140-202 aa PF00076 RRM_1 237-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812297.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	140	202	2.5e-24	85.6	RNA recognition motif
`XP_057812297.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	237	304	2.5e-24	85.6	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956314.1
TAATGAGAACGAAGAGCATCCTGTAGCAAGCTGCAAACTTGCAAAAACTATTGCCTTGCGTTGCACCGCTCTCTCTCTCTCTCTACAGAGGGTCTGTTAGCATGCACCGCTTCTCTCTCTAACGAACAAGAATAACACAAAAAAAAGGTGTAGAAAAGCCAAAGCAAAAGGGCCACCTGTTGGTTCATTCCATAAACCACCAGTGCCACTTGTGATCAAGAATTTTGTTAGAGAGAAAACCCTTCAAAAATATTGGACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026445
ATGGCTGCTGGGGCAGAGGTGTTTGGTGAAGCAGCAGTTTTGAAAATGGAGTCACCTGCTGCTGCAGTCGAGCCTTCGTCACCTAAAATTAACGTAGAAAATTTTGGTAATTCTAAGTCTGAGAACTCTGATGATGTTAACGATTCTGGTTTGAATTCGGATGTGGATTCGAAATCGGAATTGCGAATGAAGGAAATTGTTGATATGTTGAAGAAACTGGAGCTGAATCCCTTGGCCAAGGAGTTCTTTCCTTCCTCGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812297.1
MAAGAEVFGEAAVLKMESPAAAVEPSSPKINVENFGNSKSENSDDVNDSGLNSDVDSKSELRMKEIVDMLKKLELNPLAKEFFPSSYHQNHNVAYISPVNFGNGGFSNHTRRRNNYDQGKKRMSGRAFKAQREESIRRTVYVSEVDHNISEEQLAALFSNFGQVADCRVCGDPHSNLRFAFVEFSDEYSARAALVLNGTVLGFSTVKVLPSKTAILPVNPTFLPQSEDEREMCARTVYCTNIDKKVSQVDVKNFFEARCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器