Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002724

染色体: Chr05 坐标: 31339663-31345731 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002724
名称SmilChr05G002724
描述protein NARROW LEAF 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31339663 - 31345731 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026459
GeneID131026459
locus_tag-
NCBI NameLOC131026459
原始查询LOC131026459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NARROW LEAF 1-like
产物protein NARROW LEAF 1-like
ArabidopsisAT5G45030 (AT5G45030)
Trypsin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834534]
identity=66.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0407200 (PAY1)
-
identity=67.1; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF25608 (NAL1_N); PF25819 (Nal1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026459

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812314.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057812314.1
3 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057812314.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812314.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812314.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31340091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:31340179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C47,C6
Chr5:31340302 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:31341008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:31342674 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B85
Chr5:31342674 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B85
Chr5:31344359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C85
Chr5:31344659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812314.1
597 aa
N
1
298
597
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 96-175 aa PF25819 Nal1_C 188-455 aa
XP_057812315.1
597 aa
N
1
298
597
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 96-175 aa PF25819 Nal1_C 188-455 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812314.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 96 175 7.7e-44 148.1 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812314.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 188 455 1.4e-159 530.1 Nal1 C-terminal domain
XP_057812315.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 96 175 7.7e-44 148.1 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812315.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 188 455 1.4e-159 530.1 Nal1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956331.1
CCCCCTCTCCACGGTCCCAAATTCGTAATTAGCCGCAAAACTCTGCATTCATGTCACTTTCCCAAAATCACAGCTCCTCTCCACCGGCCTACCGCTAGCTGCCTGCTCCAGCCTCCGCCCACCGTCGGCGCTTGAAGATGAGCTCACCATCGCTCTATTAGTGAATTAATGTCCAAGGAAAACCAACTACTACAGTTTCCTAGAACAAGCACAATTGTCCTTGGGTTGGCCTTTTGATTTCATAAAACAGAATTATCTCC...
XM_057956332.1
CCCCCTCTCCACGGTCCCAAATTCGTAATTAGCCGCAAAACTCTGCATTCATGTCACTTTCCCAAAATCACAGCTCCTCTCCACCGGCCTACCGCTAGCTGCCTGCTCCAGCCTCCGCCCACCGTCGGCGCTTGAAGATGAGCTCACCATCGCTCTATTAGGGGTATGGTGGATTTCCAGTGCAAATCATGAAATTCGATAGTACATGAAAAGGAATTCAATCAGGCTGAGAGCACCGAAGATGCTATTATTCAGGAATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026459
ATGGACCAAGGAAGGTCACATTCTAGAGCACGAGGCTCAGGCTCTACGCCATCCGAGGAATCATCTTTGGATCTTGAAAAGTACGGTTGCAATCATTCCTTTCGGACTTCACTAAGCCCATCATCGCTTCAACCCCATGCAACAGGGGGACAACATTGTGAAAGTAGTGCTGCATACTTTTCGTGGCCATGTCGAATAAAAGATGATGCTGAAGAGAGGGCAAACTATTTTGCTAACCTGCAGAAAACTGTCTTGCCCGA...
LOC131026459
ATGGACCAAGGAAGGTCACATTCTAGAGCACGAGGCTCAGGCTCTACGCCATCCGAGGAATCATCTTTGGATCTTGAAAAGTACGGTTGCAATCATTCCTTTCGGACTTCACTAAGCCCATCATCGCTTCAACCCCATGCAACAGGGGGACAACATTGTGAAAGTAGTGCTGCATACTTTTCGTGGCCATGTCGAATAAAAGATGATGCTGAAGAGAGGGCAAACTATTTTGCTAACCTGCAGAAAACTGTCTTGCCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057812314.1
MDQGRSHSRARGSGSTPSEESSLDLEKYGCNHSFRTSLSPSSLQPHATGGQHCESSAAYFSWPCRIKDDAEERANYFANLQKTVLPESVGPLPEGQRANTLLELMTIRAFHSKILRCYSLGTAIGFRIRRGVLTNIPAILVFVSRKVHKQWLTPLQCLPTALEGPGGIWCDVDVVEFSYFGAPEPTPKEQLYTEIVDDLRGSDPCIGSGSQVANQETYGTLGAIVRSQTGSRQVGFLTNRHVAVDLDYPNQKMFHPLPPT...
XP_057812315.1
MDQGRSHSRARGSGSTPSEESSLDLEKYGCNHSFRTSLSPSSLQPHATGGQHCESSAAYFSWPCRIKDDAEERANYFANLQKTVLPESVGPLPEGQRANTLLELMTIRAFHSKILRCYSLGTAIGFRIRRGVLTNIPAILVFVSRKVHKQWLTPLQCLPTALEGPGGIWCDVDVVEFSYFGAPEPTPKEQLYTEIVDDLRGSDPCIGSGSQVANQETYGTLGAIVRSQTGSRQVGFLTNRHVAVDLDYPNQKMFHPLPPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器