Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002726`

染色体: Chr05 坐标: 31365220-31372979 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002726`
名称	SmilChr05G002726
描述	translation initiation factor IF-2, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	31365220 - 31372979 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026461`
GeneID	`131026461`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026461`
原始查询	`LOC131026461`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	translation initiation factor IF-2, chloroplastic-like
产物	translation initiation factor IF-2%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G17220` (FUG1) Translation initiation factor 2, small GTP-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838293] identity=65.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0575300` - identity=75.7; qcov=0.566; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0006413 (translational initiation)
KEGG	-
Pfam	PF00009 (GTP_EFTU); PF00071 (Ras); PF01926 (MMR_HSR1); PF11987 (IF-2); PF22042 (EF-G_D2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026461

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057812318.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057812318.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057812318.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057812318.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812318.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:31367260`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr5:31367414`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:31368660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:31370068`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B112,C83
`Chr5:31370253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C8
`Chr5:31370447`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C31
`Chr5:31370447`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C31
`Chr5:31370713`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A21
`Chr5:31370713`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A21
`Chr5:31370730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr5:31370774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,B66,B76
`Chr5:31371113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812318.1

987 aa

494

987

GTP_EFTU

MMR_HSR1

Ras

EF-G_D2

IF-2

PF00009 GTP_EFTU 463-623 aa PF01926 MMR_HSR1 464-572 aa PF00071 Ras 464-622 aa PF22042 EF-G_D2 638-716 aa PF11987 IF-2 766-860 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812318.1`	Pfam	`PF00009`	GTP_EFTU	Domain	463	623	3.3e-37	128.6	Elongation factor Tu GTP binding domain
`XP_057812318.1`	Pfam	`PF01926`	MMR_HSR1	Family	464	572	9.2e-09	36.1	50S ribosome-binding GTPase
`XP_057812318.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	464	622	8.6e-08	32.6	Ras family
`XP_057812318.1`	Pfam	`PF22042`	EF-G_D2	Domain	638	716	6e-28	97.5	Elongation factor G domain 2
`XP_057812318.1`	Pfam	`PF11987`	IF-2	Domain	766	860	2.7e-30	105.4	Translation-initiation factor 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956335.1
TACCGCTCGACACAGGAAGAGGAATTAGCCGCACCGTACCCCAAATTTCTCTCTCAATTTTCGTCGTTTTTTCTATTTAAGTGTTGCCGGTAAATTGACGGAGTTGAGCTATATATAAACAGGGATTTTCTACAGGTACATAATCTCCGATTCTTTTACAATCTGGGGTTTGTTATCAGTAGCCAGAACTATTTCCTGATTTCGGTAGCTCAAATTATGAATTGCTAAGCAACTGGAATTTACTTTGCTGTCTAAATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026461
ATGAGTTCTTTAGCTTCTTCGCTGAGTTTCGGTTCAAGTGTGAATACTGCAATTTCTTTTTGCAATTTTGATAGTCGTGTGTGTTTAGTTAGGAGGGTTCGTTTTCGGAGAAATGGGAGTACTCTAAGGAAGTATGGTGGCGTTTGTAAACATTTCGTGACAACTAATTACATCGCGGAACAAGGGACTTCTATATCTCTCGATTCTACGTATAGAGATAGTAAAGGCGAGGCTGATGATTCGTTTCTTATAGGAGCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812318.1
MSSLASSLSFGSSVNTAISFCNFDSRVCLVRRVRFRRNGSTLRKYGGVCKHFVTTNYIAEQGTSISLDSTYRDSKGEADDSFLIGAPKPVLKSGSKVDLLLSMAWDEKKRGGNSDDETMSDKEKERSRVIESLGEVLEKAEKLETSKKVSFSVDKPPADEGADQKNLTPIKSVRSSSGKSKTLKSVWRKGNPVATVEKFKHEPQGSIGSKTVARLRPSQPPQKIEPKIQTRPSVAAPPIRKPVILKKSSVSSQTDLGPES...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器