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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000001`

染色体: Chr05 坐标: 80-3111 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000001`
名称	SmilChr05G000001
描述	cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	80 - 3111 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026481`
GeneID	`131026481`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026481`
原始查询	`LOC131026481`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I
产物	cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-I
Arabidopsis	`AT1G61010` (CPSF73-I) cleavage and polyadenylation specificity factor 73-I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842393] identity=77.8; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0852900` - identity=73.2; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0004521 (RNA endonuclease activity); GO:0005847 (mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex); GO:0006378 (GO:0006378); GO:0006398 (mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage); GO:0008409 (5'-3' exonuclease activity)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF07521 (RMMBL); PF10996 (Beta-Casp); PF11718 (CPSF73-100_C); PF16661 (Lactamase_B_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057812335.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057812335.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057812335.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812335.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812335.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:81`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr5:1713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:1742`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C75
`Chr5:1742`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812335.1

673 aa

336

673

Lactamase_B_6

Beta-Casp

RMMBL

CPSF73-100_C

PF16661 Lactamase_B_6 83-185 aa PF10996 Beta-Casp 237-358 aa PF07521 RMMBL 373-422 aa PF11718 CPSF73-100_C 468-667 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812335.1`	Pfam	`PF16661`	Lactamase_B_6	Domain	83	185	1.1e-09	38.7	Metallo-beta-lactamase superfamily domain
`XP_057812335.1`	Pfam	`PF10996`	Beta-Casp	Domain	237	358	5.2e-32	111.7	Beta-Casp domain
`XP_057812335.1`	Pfam	`PF07521`	RMMBL	Motif	373	422	3.9e-14	53.1	Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain
`XP_057812335.1`	Pfam	`PF11718`	CPSF73-100_C	Domain	468	667	4.5e-52	177.5	Pre-mRNA 3'-end-processing endonuclease polyadenylation factor C-term

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956352.1
CCATTTTGAAATGGGTTAATATTTTTGGGGAGGAATGGACTAGCGACTAATTTTTAGGTAATCGAAATCAAATATACTGTGTGACTGTTTCTTTTACTGACTGTCGGCTACAGCAGAATCAGTAGTAAACTGTTTTGGAGGAAAGCAAGACAACGACGAAGCGTGCGACGACTGAGCCGCCCTACCGCCGCTTCCGTAACCGTATCGCTTGAGCGGAGCTGTTGGTGTATTAATGGCTTCAGCTTCAGCTGCAACAGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026481
ATGAGCTCATCATTACGCCCCTCGGCGCCGGCAACGAAGTTGGCCGCTCCTGCGTTTACATGTCCTTCAAGGGGAAAACTGTTATGTTCGACTGCGGCATTCATCCAGCTTTCTCAGGAATGGCTGCATTGCCCTACTTCGACGAGATTGATCCTTCTGCCATCGATCTTCTTCTCGTTACTCACTTTCACTTGGACCATGCTGCTTCACTTCCATATTTTCTGGAAAAGACAACGTTTAAAGGACGGGTTTTTTATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812335.1
MSSSLRPSAPATKLAAPAFTCPSRGKLLCSTAAFIQLSQEWLHCPTSTRLILLPSIFFSLLTFTWTMLLHFHIFWKRQRLKDGFFMTHATKAIYKLLLSDYVKVSKVSVEDMLYDEQDILRSMDKIEVIDFHQTLEVNGIRFWCYTAGHVLGAAMFMVDIAGVRVLYTGDYSREEDRHLRAAELPQFSPDVCIIESTYGVQNHQPRHIREKRFTEVIHATISRGGRVLIPAFALGRAQELLLILDEYWENHRDLHNVPIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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