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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002236

染色体: Chr05 坐标: 23972500-23975801 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002236
名称SmilChr05G002236
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向23972500 - 23975801 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026487
GeneID131026487
locus_tag-
NCBI NameLOC131026487
原始查询LOC131026487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g32430%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT4G32430 (AT4G32430)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829378]
identity=52.1; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0670000 (P0470D12.102)
-
identity=43.8; qcov=0.948; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812337.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812337.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812337.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812337.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812337.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:23973071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C5
Chr5:23973075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C28
Chr5:23973077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C28,C5
Chr5:23973349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr5:23973471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr5:23974310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:23974703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812337.1
769 aa
N
1
384
769
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 116-140 aa PF01535 PPR 216-241 aa PF01535 PPR 244-258 aa PF01535 PPR 317-345 aa PF13812 PPR_3 342-386 aa PF01535 PPR 414-436 aa PF13812 PPR_3 441-485 aa PF01535 PPR 442-464 aa PF13041 PPR_2 542-589 aa PF01535 PPR 544-574 aa PF13812 PPR_3 544-588 aa PF13812 PPR_3 567-625 aa PF01535 PPR 579-606 aa PF01535 PPR 616-639 aa PF20431 E_motif 659-719 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 116 140 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 216 241 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 244 258 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 317 345 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 342 386 1.1e-29 103.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 414 436 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 441 485 1.1e-29 103.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 442 464 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 542 589 2.9e-55 184.9 PPR repeat family
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 544 574 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 544 588 1.1e-29 103.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812337.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 567 625 1.1e-29 103.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 606 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 616 639 7.6e-48 158.2 PPR repeat
XP_057812337.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 659 719 2.9e-17 63.4 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956354.1
AAAAGAATGGGAGCCGAGACAGACTGCCATTGTGACTGTGAGTAGCAATGTGAACCGCAGTGTCCCAACTCCCAAATATTGAATCAGAAAACCACACAAGTCTGCTATTCCGCCACAGTCACCGTCGCCGTCGCCGTCGCAACGCTGCCTCGCTCTCGAAAGTCACAGGCAGCACAGCAGTCGCAATACGGCAGCGGCAGACTCGAATTCGAAGAGAGCCAAACTCCCAGCTCATAACATGCCCCCAGCAATCCGACGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026487
ATGAAGAATCTAACGATAACTCCTCAACTTCAAATCCTTCAGAAACAACTCATAAAACGCCCAAGATATTTCAAGCTGCCGTCCTCATATTACCATGGGCACCACATGCTCGACGAAATACCAAGCCGACCAAATGTCTCTGTTCACCGTTTCATGCTCAATCTCATGAACCAAAACCGCAAGTGCGAAGCACTTTATGTTTTCAAAAATCATCTACAGGCGGATCTTTCCGTAGTCAATGAAGTTGCGCTCGCGCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812337.1
MKNLTITPQLQILQKQLIKRPRYFKLPSSYYHGHHMLDEIPSRPNVSVHRFMLNLMNQNRKCEALYVFKNHLQADLSVVNEVALALASKACVGHPRIGRQIHGFAVVSGFMASVSVCNSLMNMYCKSWNLRTALCIFGNLKNPDSVSYNTVLSGFEDNESALLFAREMYSAGIAFDSRTFTSALAHCADGEKFDFGFQLHCLVSKLGFETENFTGNALITLYSKCGKVDDAKRVFSEMPHKDLVSWNAILSGYAQEGNNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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