Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000007`

染色体: Chr05 坐标: 28147-37628 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000007`
名称	SmilChr05G000007
描述	protein CASP
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28147 - 37628 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026491`
GeneID	`131026491`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026491`
原始查询	`LOC131026491`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CASP
产物	protein CASP
Arabidopsis	`AT3G18480` (CASP) CCAAT-displacement protein alternatively spliced product [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821377] identity=77.1; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0710900` - identity=75.5; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0006891 (intra-Golgi vesicle-mediated transport)
KEGG	-
Pfam	PF08172 (CASP_C); PF25398 (CUX1_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026491

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057812341.1`
2	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.80000	`XP_057812341.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057812341.1`
4	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057812341.1`
5	Autophagic vesicle	Autophagic vesicle	0.20000	`XP_057812341.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28469`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C2
`Chr5:28601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr5:28655`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B20,B80,C43,D11
`Chr5:28912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr5:28920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C32,C68,C78
`Chr5:29722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C2
`Chr5:29958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr5:31377`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr5:31905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B126,B20
`Chr5:36345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr5:37336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812341.1

689 aa

344

689

CUX1_N

CASP_C

PF25398 CUX1_N 22-133 aa PF08172 CASP_C 440-666 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812341.1`	Pfam	`PF25398`	CUX1_N	Domain	22	133	1.8e-42	144.7	CUX1-like, N-terminal tRNA-binding arm
`XP_057812341.1`	Pfam	`PF08172`	CASP_C	Family	440	666	5.4e-63	213.4	CASP C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956358.1
CAGTCCAAACTTCCTTCACTGATGAACTGATCCACCAACCAACTTCTCTTTCCCTCTCCCTCTTAACAGAGCTGAGTTTTCCAATCGAACAATCTTAGATCTAAATCGTTGCTTTCGTATACATGAAGCACCGATTTGTTTGATCGTGTAAAGCGTATAAACCATTTAAACTTTACCGTATCGTAATTATTGTTAATTTTCAGCATAAGGGTGAAATTTTTTGAGGTTTTGGGTGCGGGACACTGAGATCAGTAATGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026491
ATGGAAGGTCTGAAAGGTGGTGGAGGAGGAGGATCAGAGAGAGAAAAGCCCAATGCATCATCGACCTCTGCCCCCGTATCTGCCGTTGCTACTTTCTGGAAAGATTTTGATTTAGAGAAAGAAAGGACCATCCTGGATGAACAGGGACTTAAAATTGCAGAGAATCAGGAAAACAGCCAGAAGAACCGCAGGAAGCTTGCAGAGAGCACTAGAGACTTCAAGAAGGCGTCAAATGAAGAGAAGTTGACATTGTTCAACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812341.1
MEGLKGGGGGGSEREKPNASSTSAPVSAVATFWKDFDLEKERTILDEQGLKIAENQENSQKNRRKLAESTRDFKKASNEEKLTLFNSLLKGYQEEVDKLTKRAKFGENAFLNIYQKLYEAPDPYPVLNSIAEKDAKLFELESENRKMKVELEEFRTESTHLKNQQATIRRLEERTRQLEQQMEEKVKEIVEIKQRNLAEENQKTMEVLKERERMLQDQLRQAQESVSTMRKLHEFAQSQLFELRAQSDEDRATKQSEVNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器