Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000013

染色体: Chr05 坐标: 60245-63114 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000013
名称SmilChr05G000013
描述GEM-like protein 6
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向60245 - 63114 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026500
GeneID131026500
locus_tag-
NCBI NameLOC131026500
原始查询LOC131026500

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GEM-like protein 6
产物GEM-like protein 6
ArabidopsisAT5G23350 (AT5G23350)
GRAM domain protein/ABA-responsive-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832399]
identity=46.4; qcov=0.944; evalue=9.76e-57; confidence=high
RiceOs04g0527000
-
identity=44.3; qcov=0.901; evalue=3.45e-55; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02893 (GRAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057812357.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057812357.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812357.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812357.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812357.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:60401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B74
Chr5:62316 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 7 A1,B104,B90,B92,C12,C83,C84
Chr5:62438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:62447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C82
Chr5:62528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:62684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D2,D6
Chr5:62693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812357.1
233 aa
N
1
116
233
GRAM
C
PF02893 GRAM 105-219 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812357.1 Pfam PF02893 GRAM Domain 105 219 1.2e-10 42.0 GRAM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956374.1
TGACAGCACAATGCAAATGCAATTGAAATTCAATTATAGTGTATTTAATTATGGGCAAGACTTTTTGGTTGGAGAAGTCTTCTCTCTTCTTTGCTCTGAATTCATTTCATTTGATTAGTTGAGCTACCTCAAGAGCTAGATTTGTGGGATGGAGAAATTCATCAAGGATGAAGATCATCATTTTCCGACACCAGAAACAAGCTCAGACAACACTGCATCTTCCTTGTCTGAACCTCTCAGCCCCTTCTCCTCCCAATCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026500
ATGGAGAAATTCATCAAGGATGAAGATCATCATTTTCCGACACCAGAAACAAGCTCAGACAACACTGCATCTTCCTTGTCTGAACCTCTCAGCCCCTTCTCCTCCCAATCCGATCATCACTCTCCTGCCTTCTTCACTACTACTCCAAATGAGGAGATGAAGAAGCAGAAGAAGAAGAAACTGGAAAGGAAGAGCGCAAGTTTTGCTTACAGAATTGGGGAACATGTGAGGCTAGGGCACAAATTGTCTGAAATGGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812357.1
MEKFIKDEDHHFPTPETSSDNTASSLSEPLSPFSSQSDHHSPAFFTTTPNEEMKKQKKKKLERKSASFAYRIGEHVRLGHKLSEMVKGKLSVGAKIMRKGGRGNLFRDIFGVSECEGEKLLKASQCYLSTTHGPIAGILFVSTKKIAFCSERSIATTLQSSSSASPSSVVKAPYKVCIPVNKIKGANQSENVNNPAQKYIQIVTHDNYEFWFMGFLRYEKAWINLQKSISFST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器