Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000020

染色体: Chr05 坐标: 84163-84805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000020
名称SmilChr05G000020
描述sufE-like protein 1, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向84163 - 84805 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026507
GeneID131026507
locus_tag-
NCBI NameLOC131026507
原始查询LOC131026507

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sufE-like protein 1, chloroplastic/mitochondrial
产物sufE-like protein 1%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT4G26500 (CPSUFE)
chloroplast sulfur E [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828756]
identity=67.4; qcov=0.876; evalue=6.81e-37; confidence=medium
RiceOs03g0219500 (OsISC4)
-
identity=62.1; qcov=0.981; evalue=5.4e-44; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF01722 (BolA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026507

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812364.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057812364.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812364.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812364.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812364.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:84278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C12,D2,D4
Chr5:84306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:84310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B74,B84,C25,C4
Chr5:84313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B74,B75,B84
Chr5:84314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C52
Chr5:84315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,B84
Chr5:84323 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,B84
Chr5:84342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B72
Chr5:84350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:84372 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 17 A3,B111,B18,B21,B35,B43,B67,B69,B70,B95,B99,C13,C29,C39,C47,C59,C66
Chr5:84558 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr5:84560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812364.1
105 aa
N
1
52
105
BolA
C
PF01722 BolA 17-98 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812364.1 Pfam PF01722 BolA Family 17 98 5.9e-32 110.5 BolA-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956381.1
AAAATTTAGAAGAAAAAAAAATATTTATTTAAAGCACAATTACCCCTAAATATAATAGCGTGAAGTAAATCACAAGTGCCTTAGACAGTGAAATGGCGTCGCGAGTGGCGATATCGAGGGCGAGTCGGATCAAGACGAAGCTCGAAACGGCGCTGCAAGCCGCCGTTTTGGAGGTGGAGGACGTCTCCCACCAGCACGCCGGCCACGCCGCCGTCAGAGAAATGGGAGGCGGCGCGCAGGAGACTCATTTTAATGTGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026507
ATGGCGTCGCGAGTGGCGATATCGAGGGCGAGTCGGATCAAGACGAAGCTCGAAACGGCGCTGCAAGCCGCCGTTTTGGAGGTGGAGGACGTCTCCCACCAGCACGCCGGCCACGCCGCCGTCAGAGAAATGGGAGGCGGCGCGCAGGAGACTCATTTTAATGTGCGAATCGTCTCCGCCCAATTCCAGGGCCAAAACCTAGTCAAACGACACCGTATGGTCTACGAACTCCTCTCCGACGAGCTCCAATCCGGTTTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812364.1
MASRVAISRASRIKTKLETALQAAVLEVEDVSHQHAGHAAVREMGGGAQETHFNVRIVSAQFQGQNLVKRHRMVYELLSDELQSGLHALSITAKTPKEAGVDDEA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器