Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000022`

染色体: Chr05 坐标: 93467-97139 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000022`
名称	SmilChr05G000022
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	93467 - 97139 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026511`
GeneID	`131026511`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026511`
原始查询	`LOC131026511`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
Arabidopsis	`AT5G43470` (RPP8) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367] identity=25.5; qcov=0.936; evalue=3.06e-29; confidence=low
Rice	`Os11g0633500` - identity=28.9; qcov=0.52; evalue=3.04e-31; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057812370.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057812370.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057812370.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812370.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812370.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:94063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B27,C73
`Chr5:94078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr5:94096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B100,B130,B57,C38
`Chr5:94123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:94207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:94307`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,A3,B67,C61,C77
`Chr5:94339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:94342`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B115,B2,C61
`Chr5:94377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,C43
`Chr5:94391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C64,C66,C70,C8,D10
`Chr5:94402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B49,B7,B71,C13
`Chr5:94499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812370.1

579 aa

290

579

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 172-325 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812370.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	172	325	6.2e-27	95.0	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009102327.1
GAGTCAAGCTCATCCGTCATTATTCAAGGTGCGTGTTTACCTGCACTATAATAAATAAATAAATAAATAAAAGAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAATCCTACTAATATAAGTGAAAGGTTGTGAATTTTCGGATAAGGTTCAGCTTATCCTCAGCGCCACTGTTCTTTCTTCCACACGTTTGCCTAAAAAATCATCAAGAGATCTTCGAATCATTTACTAAAATTCTTGCCCTTCAATCAACATTGCCGTCT...

XR_009102328.1
AAAAATCCTACTAATATAAGTGAAAGGTTGTGAATTTTCGGATAAGGTTCAGCTTATCCTCAGCGCCACTGTTCTTTCTTCCACACGTTTGCCTAAAAAATCATCAAGAGATCTTCGAATCATTTACTAAAATTCTTGCCCTTCAATCAACATTGCCGTCTTCGTGCATAGAGAGGAAGGGTGCATGTGGTATTGAATGTTTCTAAAATTGTATCAAAACCACTAAACCAGCTGCCGCCGCCGCCGACTTGCGCCAACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026511
ATGGCGGCTTATGGTGCGGCGGCTTCTCTCAAGAATACGATTCAGCGTCTTCTACAATCGTCTCGCATTTCTCTCGTTTCCCACTCTCCGCAAATGTTGCAGCCTGCCTACGACGAGATGGATCGATTGCAGAAAGTTCTGCTAAAATTGGATGATACCGACTGCAGCAAGATCAGGACGAAGGTGAACGCTGTGGATGAACGAATCAAAGAGGCAGTTTGGGAGTTTGAAGATTTACTCGAATCCCATGTCTTACATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812370.1
MAAYGAAASLKNTIQRLLQSSRISLVSHSPQMLQPAYDEMDRLQKVLLKLDDTDCSKIRTKVNAVDERIKEAVWEFEDLLESHVLHQILPQLESERDNLSFSVELQSLQHHVDCFVEMVKTMEEEYTYEMENMAEEEGEPISSRSDFGGIKSKMFGLSDEFQKARDDLLEDKHYSIIGMAGVGKTTLAKHIFEDPSIRSHFEFRAWVKVGRKCESNELLRCVLAQVDPNAYQTLTQGDDDDEVLDGLLKEKLKHKKCLIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器