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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000043

染色体: Chr05 坐标: 205148-212413 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000043
名称SmilChr05G000043
描述uncharacterized SmilChr05G000043
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向205148 - 212413 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026530
GeneID131026530
locus_tag-
NCBI NameLOC131026530
原始查询LOC131026530

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843680]; symbol=AT1G73450; hit=AT1G73450; species=arabidopsis; confidence=high
产物Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843680]; symbol=AT1G73450; hit=AT1G73450; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G73450 (AT1G73450)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843680]
identity=56.5; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0719500
-
identity=69.8; qcov=0.599; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0004713 (protein tyrosine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0018107 (peptidyl-threonine phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812394.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812394.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812394.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812394.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057812394.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:205648 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 30 A10,B123,B139,B16,B38,B39,B42,B43,B47,B5,B72,B79,B85,B86,B9,C13,C25,C26,C3,C33,C48,C51,C52,C56,C59,C60,C61,C76,C84,D4
Chr5:205697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,C13,C3
Chr5:205732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B25
Chr5:205802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B22,B27,C41,C63
Chr5:206289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr5:206569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:206722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr5:206770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,C40,C72
Chr5:206868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,C82,C86
Chr5:206869 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr5:206958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:207530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812394.1
1181 aa
N
1
590
1181
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 870-1172 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 872-1076 aa
XP_057812395.1
1151 aa
N
1
576
1151
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 840-1142 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 842-1046 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812394.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 870 1172 1.6e-49 169.4 Protein kinase domain
XP_057812394.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 872 1076 2.8e-18 66.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057812395.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 840 1142 1.5e-49 169.5 Protein kinase domain
XP_057812395.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 842 1046 2.7e-18 66.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956412.1
TATACAGATAATCCTTACACAAAAAATTATAGAATTAATCAAACATTTGCCATTAATATTTGTTGTCTGTTTGCTCATTTTCTGTATCTAATCACAAGCCTACATACCTGAAATATGCATACAAAATACATACATTATTATCATACTATCATATATGAAGATTGATTTTCCGGCGGAAAGAGGCACAATGCCAGAAATCTAGCAACAATGTTCTATAATTGTTGCAAAAACCAGAAGTGAAAGTGTTTAATGTTCATTTG...
XM_057956411.1
TATACAGATAATCCTTACACAAAAAATTATAGAATTAATCAAACATTTGCCATTAATATTTGTTGTCTGTTTGCTCATTTTCTGTATCTAATCACAAGCCTACATACCTGAAATATGCATACAAAATACATACATTATTATCATACTATCATATATGAAGATTGATTTTCCGGCGGAAAGAGGCACAATGCCAGAAATCTAGCAACAATGTTCTATAATTGTTGCAAAAACCAGAAGTGAAAGTGTTTAATGTTCATTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026530
ATGGCTGATTCGACTCCCGTAGACGATATTCTGGAGTTCCTGAGGAGGAACAACTTTACAAATGCAGAGGCTGCTTTGAAATGTGAATTGGGTAGCAGGCCCGACTTGAATGGGGTAATGGACAAGCTTAAGCTTGATAGTAAGGAGTCGAGTGGTAGTAGGCTGAGGGAAGAAGTTAATGGAGCGAAATTATTGGGAGAAGATCAACAAATGAGGGATAGCGGGCGAGCTCTTAGTGAGTCAAGTAGTGCTGAGGCTTC...
LOC131026530
ATGGCTGATTCGACTCCCGTAGACGATATTCTGGAGTTCCTGAGGAGGAACAACTTTACAAATGCAGAGGCTGCTTTGAAATGTGAATTGGGTAGCAGGCCCGACTTGAATGGGGTAATGGACAAGCTTAAGCTTGATAGTAAGGAGTCGAGTGGTAGTAGGCTGAGGGAAGAAGTTAATGGAGCGAAATTATTGGGAGAAGATCAACAAATGAGGGATAGCGGGCGAGCTCTTAGTGAGTCAAGTAGTGCTGAGGCTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057812394.1
MADSTPVDDILEFLRRNNFTNAEAALKCELGSRPDLNGVMDKLKLDSKESSGSRLREEVNGAKLLGEDQQMRDSGRALSESSSAEASKELIVKEVECEAGRYESERKWKSCGTIGEQSMVNASVGTSDKSFTVSKTSDTVLDLYPWKYSTSNGPVTSNEHDDGSAGPNDFLGFEVSRKALFSAEDLDHGKDSSKYGEDVSFPCERRMSWPVGTSKAGDEPKNEKNELKEVGPRRKISGASSKDELADSISNASVRPSLDL...
XP_057812395.1
MADSTPVDDILEFLRRNNFTNAEAALKCELGSRPDLNGVMDKLKLDSKESSGSRLREEVNGAKLLGEDQQMRDSGRALSESSSAEASKELIVKEVECEAGRYESERKWKSCGTIGEQSMVNASVGTSDKSFTVSKTSDTVLDLYPWKYSTSNGPVTSNEHDDGSAGPNDFLGFEVSRKALFSAEDLDHGKDSSKYGEDVSFPCERRMSWPVGTSKAGDEPKNEKNELKEVGPRRKISGASSKDELADSISNASVRPSLDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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