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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G000054`

染色体: Chr05 坐标: 254343-255586 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G000054`
名称	SmilChr05G000054
描述	metalloendoproteinase 3-MMP-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	254343 - 255586 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026538`
GeneID	`131026538`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026538`
原始查询	`LOC131026538`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	metalloendoproteinase 3-MMP-like
产物	metalloendoproteinase 3-MMP-like
Arabidopsis	`AT1G24140` (AT1G24140) Matrixin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839026] identity=43; qcov=1.03; evalue=1.57e-82; confidence=medium
Rice	`Os02g0740700` (OsMMP1) - identity=46.2; qcov=0.929; evalue=6.15e-80; confidence=high
GO	GO:0004222 (metalloendopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0030198 (extracellular matrix organization); GO:0030574 (collagen catabolic process); GO:0031012 (extracellular matrix)
KEGG	-
Pfam	PF00413 (Peptidase_M10); PF01471 (PG_binding_1); PF13582 (Reprolysin_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057812408.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057812408.1`
3	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057812408.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812408.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812408.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:254418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B57,C33
`Chr5:254454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B80,C50
`Chr5:254480`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B64
`Chr5:254480`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B64
`Chr5:254497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr5:254552`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:254566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr5:254614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B132,B22,B27,C41,C63
`Chr5:254614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B132,B22,B27,C41,C63
`Chr5:254625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,D10
`Chr5:254649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B75,B9,C30,C69,C75
`Chr5:254660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812408.1

310 aa

155

310

PG_binding_1

Peptidase_M10

Reprolysin_3

PF01471 PG_binding_1 55-113 aa PF00413 Peptidase_M10 159-308 aa PF13582 Reprolysin_3 199-277 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812408.1`	Pfam	`PF01471`	PG_binding_1	Domain	55	113	3.3e-11	43.9	Putative peptidoglycan binding domain
`XP_057812408.1`	Pfam	`PF00413`	Peptidase_M10	Domain	159	308	4.2e-45	154.2	Matrixin
`XP_057812408.1`	Pfam	`PF13582`	Reprolysin_3	Domain	199	277	4.9e-05	24.6	Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956425.1
CAACATCATATCAAATACTAATTTTTCCAATTTGAACTCGATCGTTATTTCCATGGCTCTTAAGTTTATTAAGTTGTTTTCCCTCATCTTCCTTGTTTTCCTATTTTCTTCCACTATTAGCCATGCCAAGAGAAATAACCCAAGTGACAAAACTCCATCACCTTTTGATTTCATCAAACAATTAAAAGGTTGTCACAAGGGTAACAACACAAAAGGCATCCACCTACTCAAAGCCTATCTCAAAGAATTCGGATATCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026538
ATGGCTCTTAAGTTTATTAAGTTGTTTTCCCTCATCTTCCTTGTTTTCCTATTTTCTTCCACTATTAGCCATGCCAAGAGAAATAACCCAAGTGACAAAACTCCATCACCTTTTGATTTCATCAAACAATTAAAAGGTTGTCACAAGGGTAACAACACAAAAGGCATCCACCTACTCAAAGCCTATCTCAAAGAATTCGGATATCTCGAATATCTCAATCAAACTCAAGCCGATGGTGATGATTTTGACGATATCCTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812408.1
MALKFIKLFSLIFLVFLFSSTISHAKRNNPSDKTPSPFDFIKQLKGCHKGNNTKGIHLLKAYLKEFGYLEYLNQTQADGDDFDDILESAVKTYQENYHIKPTGTLDATTISKMTTPRCGVPDIVNGTNYMQPRNRNHESGSSGVHVVSHYSFFEGEPKWPPSKTHLTYRFLSNFPTDAIAPVVRAFQKWGSSTRFSFARVQTNQNADLVIGFHRGDHGDGFPFDGRGGTLAHAFAPTNGRFHYDADEQWSIGPVTGAFDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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