Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002533`

染色体: Chr01 坐标: 43330803-43332358 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002533`
名称	SmilChr01G002533
描述	blue copper protein 1a-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	43330803 - 43332358 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026540`
GeneID	`131026540`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026540`
原始查询	`LOC131026540`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	blue copper protein 1a-like
产物	blue copper protein 1a-like
Arabidopsis	`AT3G17675` (AT3G17675) Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008006] identity=39.2; qcov=0.651; evalue=5.32e-28; confidence=medium
Rice	`Os04g0545600` (OsUCL15) - identity=41.5; qcov=0.641; evalue=1.53e-25; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG	-
Pfam	PF02298 (Cu_bind_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057812414.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057812414.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812414.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812414.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812414.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:43330867`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	55	A2,A21,B1,B101,B104,B105,B108,B11,B117,B122,B124,B128,B129,B135,B2,B24,B28,B31,B32,B33,B38,B39,B46,B48,B50,B66,B73,B76,B81,B84,B89,B91,B93,B97,C19,C22,C23,C34,C36,C5,C50,C55,C57,C58,C62,C76,C78,C8,C80,C84,D1,D10,D2,D3,D6
`Chr1:43330876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr1:43331602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr1:43331686`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812414.1

192 aa

192

Cu_bind_like

PF02298 Cu_bind_like 61-140 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812414.1`	Pfam	`PF02298`	Cu_bind_like	Domain	61	140	7.5e-21	74.6	Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956431.1
AAGCCAACATATGATCATCAAGAAATCATCAAGTATCAACATTAACCTAGCTAGCTTATTTCAATTAATAAAACGCCTAACTTCAAACTTTTCTGAGATGGCTCTTAATGCTCTCTTGTTCGCGGCGATGATGGCTGCCGTAGCTGCACCAGCTTTTGGATCCGACTTCATTGTTGGAGACGACGCCGGCTGGAAACTCAACGTGAACTACACCGCGTGGGCGCAGGGAAAACAATTCCACGTCGGAGATAGGCTGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026540
ATGATCATCAAGAAATCATCAAGTATCAACATTAACCTAGCTAGCTTATTTCAATTAATAAAACGCCTAACTTCAAACTTTTCTGAGATGGCTCTTAATGCTCTCTTGTTCGCGGCGATGATGGCTGCCGTAGCTGCACCAGCTTTTGGATCCGACTTCATTGTTGGAGACGACGCCGGCTGGAAACTCAACGTGAACTACACCGCGTGGGCGCAGGGAAAACAATTCCACGTCGGAGATAGGCTGATTTTCAAGTACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812414.1
MIIKKSSSININLASLFQLIKRLTSNFSEMALNALLFAAMMAAVAAPAFGSDFIVGDDAGWKLNVNYTAWAQGKQFHVGDRLIFKYTQGSHNVQRLSNAGDFQGCTISAASPTGSDIITLASPGRKWYACGVSDHCSKGMKLAINVISDLAPAPAPGSDPKSPGNSAANGYSGFMSWAWALAALVLHKIIIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器