当前解析结果
SmilChr05G000063| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000063 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000063 |
| 描述 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 305723 - 310058 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026546 |
|---|---|
| GeneID | 131026546 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026546 |
| 原始查询 | LOC131026546 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| 产物 | protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like |
| Arabidopsis | AT3G01680 (SEOR1)sieve element occlusion amino-terminus protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821097] identity=31.5; qcov=1.03; evalue=6.69e-114; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | GO:0010088 (phloem development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14576 (SEO_N); PF14577 (SEO_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026546 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057812419.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057812419.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057812419.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812419.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812419.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:305857 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | A1,A7,B112,B131,B25,B33,B51,C29,C63,C8,C84 |
Chr5:305932 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B63 |
Chr5:306061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr5:306070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
Chr5:306082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,C8 |
Chr5:306083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,C8 |
Chr5:306096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
Chr5:306281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr5:306302 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr5:306304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:306307 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B71 |
Chr5:306322 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812419.1PF14576
SEO_N 16-301 aa
PF14577
SEO_C 467-704 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812419.1 |
Pfam | PF14576 |
SEO_N | Family | 16 | 301 | 2.9e-68 | 230.9 | Sieve element occlusion N-terminus |
XP_057812419.1 |
Pfam | PF14577 |
SEO_C | Family | 467 | 704 | 7.5e-66 | 222.6 | Sieve element occlusion C-terminus |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。