当前解析结果
SmilChr05G000083| 统一新 Gene ID | SmilChr05G000083 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G000083 |
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 455079 - 456377 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026562 |
|---|---|
| GeneID | 131026562 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026562 |
| 原始查询 | LOC131026562 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| 产物 | mannose/glucose-specific lectin Cramoll-like |
| Arabidopsis | AT5G65600 (AT5G65600)Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686] identity=34.6; qcov=0.792; evalue=1.91e-20; confidence=low |
| Rice | Os09g0334800- identity=34.5; qcov=0.752; evalue=3.15e-29; confidence=low |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00139 (Lectin_legB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026562 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057812433.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812433.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812433.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812433.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812433.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:455348 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr5:455386 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,A5,B136 |
Chr5:455407 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B50,B74 |
Chr5:455463 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:455478 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B11,B139,B70,B86,C49,C52,D4 |
Chr5:455511 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D8 |
Chr5:455511 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr5:455514 |
CTT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D8 |
Chr5:455514 |
CTT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr5:455647 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B39,C13,C44 |
Chr5:455686 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
Chr5:455688 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B136,B24,B63 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812433.1PF00139
Lectin_legB 31-256 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812433.1 |
Pfam | PF00139 |
Lectin_legB | Domain | 31 | 256 | 1.8e-47 | 162.7 | Legume lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。