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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000085

染色体: Chr05 坐标: 468215-469400 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000085
名称SmilChr05G000085
描述lectin alpha chain-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向468215 - 469400 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026564
GeneID131026564
locus_tag-
NCBI NameLOC131026564
原始查询LOC131026564

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lectin alpha chain-like
产物lectin alpha chain-like
ArabidopsisAT5G65600 (AT5G65600)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836686]
identity=38.4; qcov=0.77; evalue=1.17e-24; confidence=medium
RiceOs09g0334800
-
identity=31.6; qcov=0.934; evalue=6.34e-31; confidence=low
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00139 (Lectin_legB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812435.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812435.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812435.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812435.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812435.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:468415 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 207 A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B105,B106,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B15,B16,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C20,C21,C22,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C68,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C80,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:468434 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 188 A1,A10,A11,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A22,A24,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B11,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B123,B124,B125,B126,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B36,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B72,B74,B75,B76,B78,B79,B80,B83,B84,B87,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B99,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:468511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B100,B136
Chr5:468596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr5:468675 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 236 A1,A10,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B36,B37,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B68,B69,B70,B71,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr5:468679 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 98 A1,A10,A14,A16,A19,A24,A25,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B106,B110,B118,B121,B122,B126,B127,B128,B13,B133,B137,B139,B140,B18,B19,B21,B23,B26,B28,B3,B30,B37,B4,B40,B44,B49,B52,B57,B61,B63,B69,B70,B71,B73,B75,B77,B79,B8,B81,B82,B86,B88,B91,B93,B94,B97,B98,C10,C12,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C28,C30,C31,C34,C35,C43,C5,C51,C52,C55,C58,C59,C67,C69,C7,C70,C72,C74,C82,C86,C9,D10,D11,D4,D8,D9
Chr5:468681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:468714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C65,C83,D1
Chr5:468749 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 10 A21,A25,A5,B117,B39,B83,C20,C27,C68,D3
Chr5:468750 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 9 A21,A25,A5,B117,B39,B83,C27,C68,D3
Chr5:468759 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 168 A1,A10,A11,A13,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A23,A25,A5,A7,A8,A9,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B114,B117,B118,B120,B121,B122,B123,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B132,B133,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B18,B19,B2,B21,B24,B26,B27,B28,B3,B30,B31,B32,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B49,B51,B52,B57,B59,B6,B60,B61,B63,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B90,B91,B93,B94,B95,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C27,C28,C29,C30,C31,C33,C34,C35,C37,C38,C43,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C55,C56,C58,C59,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C74,C75,C82,C83,C84,C86,C9,D10,D11,D3,D4,D6,D9
Chr5:468783 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A25,B100,B39,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812435.1
274 aa
N
1
137
274
Lectin_legB
C
PF00139 Lectin_legB 27-257 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812435.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 27 257 1.1e-47 163.4 Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956452.1
CGTCTTAAAACTCCTACCCCTCTTCTTCTAAGAAGTTATTTGAGGGACGGCGAGAGTAGGTTTTAACTTTTTTTTCTTCAATTTTAATTTATGATATTTTAGTATGATTTAAAGATAATTAACTAGGGCTCGTTATACTACTATAAATAGAAGCAAGAGAAAGATACCACCATCATCCACCACATCCAAATCAATTAAGCCATGGCCAACCTTCTCCAAACCCTAATCTCCATCACCCTTCTCCTTGCGGCCGCCGCCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026564
ATGGCCAACCTTCTCCAAACCCTAATCTCCATCACCCTTCTCCTTGCGGCCGCCGCCAACACGGCGCAGTCCCAATCGACGACCTTCACCTATGACTTCTGGGGCGACCAGCCGACTGATCTCACCTACCAAGGCGACGCCCATTTCCCGTCGGACTCCACCTTCCTCCGCCTCACCGACCTGCAGACATACCAAGTCGGCCGGGTCTTGTACTCGAAGCCGGTCCAGTTCTCCCAAGCCGGCGGCCAAGTCGACTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812435.1
MANLLQTLISITLLLAAAANTAQSQSTTFTYDFWGDQPTDLTYQGDAHFPSDSTFLRLTDLQTYQVGRVLYSKPVQFSQAGGQVDFETTVNFIITPSATNLAADGITFFIAPVGSTIPSGSVGANLGIFSSSGNSPSVFAVEFDTYVNSPWDPNYPHIGIDIGSRESRNTTEVDGAIVGQQVTARINYVGATKMITVSATAGSKTFEVIYEYDLSGFLPEQVQVGLSAASGLSQPYVAIHDIVSWYFTATMVAQNNAGAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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