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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000095

染色体: Chr05 坐标: 557627-558726 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000095
名称SmilChr05G000095
描述agglutinin-2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向557627 - 558726 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026573
GeneID131026573
locus_tag-
NCBI NameLOC131026573
原始查询LOC131026573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述agglutinin-2-like
产物agglutinin-2-like
ArabidopsisAT5G55830 (AT5G55830)
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835677]
identity=30.1; qcov=1.11; evalue=7.77e-16; confidence=low
RiceOs09g0334800
-
identity=35.3; qcov=0.996; evalue=3.57e-27; confidence=medium
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF00139 (Lectin_legB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812445.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812445.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812445.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812445.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812445.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:557716 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B100
Chr5:557716 C CG 1bp_insertion CDS_variant 1 B100
Chr5:557755 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 6 B102,B112,B127,B27,B69,B70
Chr5:557788 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C39
Chr5:557788 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 C39
Chr5:557820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124
Chr5:558136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,D10
Chr5:558184 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B11,B112,B54
Chr5:558184 GTT G 2bp_deletion CDS_variant 3 B11,B112,B54
Chr5:558190 A AGG 2bp_insertion frameshift_variant 5 B130,B27,B77,B91,C62
Chr5:558190 A AGG 2bp_insertion CDS_variant 5 B130,B27,B77,B91,C62
Chr5:558226 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A25,B129,B130,B29,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812445.1
242 aa
N
1
121
242
Lectin_legB
C
PF00139 Lectin_legB 11-236 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812445.1 Pfam PF00139 Lectin_legB Domain 11 236 1.1e-42 147.1 Legume lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956462.1
CAGTTAGTACTCACTCTGAAATAGTAGTATTTGAAAGCCATGGCTACTTCCTTACCCCAAACCCTAATCTCCTTCGAATACGACTTCTACAAAAAGCCGTGGAATTTCAACTCCATAGGCTTGGAAGGCGACGCCCACTACCTCAATGACACCAACTGCATCCGATTGACGAAAACCGACAAGTCGGGCAAGGCGCTCCAGCACAGTGCCGGGCGAGCCGTGTACTTGGCCCCAATCAAATTCTGGGGAGACGGGATGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026573
ATGGCTACTTCCTTACCCCAAACCCTAATCTCCTTCGAATACGACTTCTACAAAAAGCCGTGGAATTTCAACTCCATAGGCTTGGAAGGCGACGCCCACTACCTCAATGACACCAACTGCATCCGATTGACGAAAACCGACAAGTCGGGCAAGGCGCTCCAGCACAGTGCCGGGCGAGCCGTGTACTTGGCCCCAATCAAATTCTGGGGAGACGGGATGCAGATGGACTTGGAAACAACCATGAAATTCATCATCAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812445.1
MATSLPQTLISFEYDFYKKPWNFNSIGLEGDAHYLNDTNCIRLTKTDKSGKALQHSAGRAVYLAPIKFWGDGMQMDLETTMKFIINPNSGDTDPGDGLTFFIEPVGAPMGSNGGSFGVFNPSGKKPNTFAIEFDIYVNTNDPSYRHVGIDFESTDSVVTMELGDALLGQEVTARIGYKAATSVISINVTIGSKTYEMSYVKDLSTVLTQEVQFGFSAATGDRVAVHDLIYWSFTGGEPVNTV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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