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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000217

染色体: Chr05 坐标: 1699538-1703910 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000217
名称SmilChr05G000217
描述tyrosine N-monooxygenase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1699538 - 1703910 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026627
GeneID131026627
locus_tag-
NCBI NameLOC131026627
原始查询LOC131026627

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tyrosine N-monooxygenase-like
产物tyrosine N-monooxygenase-like
ArabidopsisAT5G05260 (CYP79A2)
phenylalanine N-monooxygenase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830408]
identity=54.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0171800
-
identity=55.5; qcov=0.938; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057812526.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057812526.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812526.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812526.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1699848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr5:1699908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,A25,B126,B15
Chr5:1699968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B45,B70,C25,C53
Chr5:1699971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A22,C79
Chr5:1699991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C31,C53
Chr5:1699999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B18,B66
Chr5:1700015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B90,C57
Chr5:1700021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B32,B33,B46
Chr5:1700022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr5:1700044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr5:1700049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B89,C85
Chr5:1700059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B28,B62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812526.1
496 aa
N
1
248
496
p450
C
PF00067 p450 41-487 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812526.1 Pfam PF00067 p450 Domain 41 487 1e-83 282.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956543.1
AATAAAAACTTAGCAACTGTCACGATTCTTAATATAACATTTAACAATTCATATAATATGACACTTCGTAAAATAAATCTAAACTGAAAAGTCCCTATATGAATGACAAATTAATTTGTAACTAATACAATATTAATAAATTATGAGAATATATAATGCCTTTTTAAAGTGGTCTAATCGGGGAAGCAGACTATTATAGAATTAAAAGTTCATAAATTGCTTATTAACTGTTTAAAAATTACCATTAAGTTCATTATATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026627
ATGAAAATCGAAACAAGACTTCCATCGTTGCTTGCAATATTATATTTTTCAGTTTCCCTAATCTTCTTGAAACTCATATATTCCATCAAGAAAAGATCGACAGCGCCACCGCCACCGCTGCCGCCGGGGCCGCCCGCGTACCCGGTCGTCGGCAGCCTGCCGGAGATGCTGTCGAAGAAGCCCGCATTCCGATGGATGCACAATCTCATGCAAAAACTCAACACGGAGATCCTCTGCGTCCGCCTCGGCGGCGTCCACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812526.1
MKIETRLPSLLAILYFSVSLIFLKLIYSIKKRSTAPPPPLPPGPPAYPVVGSLPEMLSKKPAFRWMHNLMQKLNTEILCVRLGGVHVIAVASPELSREFLKKHDAAFASRPDAVSARLISDGYSAVILSPAGEQWKKMRRVMVSEVLSTAVFRRLHSTRREEADHLVRYVYSRRNGAVNVRDAARHYCANLIRKMVFGERFFGAGMDDGGPGNEEREHVDGLFTMLSYLYGFAIADFVPWLEVFDLDGHKRIVSNAIKKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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