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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G000166

染色体: Chr05 坐标: 1322421-1325810 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G000166
名称SmilChr05G000166
描述uncharacterized SmilChr05G000166
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向1322421 - 1325810 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026630
GeneID131026630
locus_tag-
NCBI NameLOC131026630
原始查询LOC131026630

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829499]; symbol=AT4G33590; hit=AT4G33590; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829499]; symbol=AT4G33590; hit=AT4G33590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G33590 (AT4G33590)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829499]
identity=58.1; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0466800
-
identity=50.5; qcov=0.867; evalue=4.23e-132; confidence=high
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF04577 (Glyco_transf_61)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057812529.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057812529.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812529.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812529.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812529.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:1322637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B123,B87
Chr5:1322661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B129,B35,B51,B82,C10
Chr5:1322663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:1322673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:1322712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr5:1322721 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr5:1322733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B123,B87
Chr5:1322735 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A8,B117,B37,B40,B57,B65,B75,B99,C33
Chr5:1322769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr5:1322784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B118,B22,B55
Chr5:1322805 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B13,B91
Chr5:1323898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B67,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812529.1
457 aa
N
1
228
457
Glyco_transf_61
C
PF04577 Glyco_transf_61 296-372 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812529.1 Pfam PF04577 Glyco_transf_61 Family 296 372 6.4e-12 46.6 Glycosyltransferase 61

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956546.1
AACCAATAATGATTATAATGTTCCCATCAAATTAATCATCTTCCAAATTACTCCAATCTAATTAAAAACCTTCATCTCCCATGGCGGCCAAGCCTTCTTCACAAACGGCCGCATCCACCTGCACCAAATGCCGCCGCAAAACTCCCCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCCGTCTCCGCCGCGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCTCCACCTCACCACCTCCCCGGACCTCATCCATCAATGGCGACGAGACCCAACCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026630
ATGGCGGCCAAGCCTTCTTCACAAACGGCCGCATCCACCTGCACCAAATGCCGCCGCAAAACTCCCCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCCGTCTCCGCCGCGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCACCTCCACCTCACCACCTCCCCGGACCTCATCCATCAATGGCGACGAGACCCAACCTGCATCCAACGCCTCCGCGACGCCGTCACCTTCCTCCCCCTCAAGGACCTCCGCTTCGCCGGCAAGCCCCTCGACGGCCACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812529.1
MAAKPSSQTAASTCTKCRRKTPPLLLLLLPVSAALLLLLLHLHLTTSPDLIHQWRRDPTCIQRLRDAVTFLPLKDLRFAGKPLDGHTWFMSSTRDAHEDGEVQFQEFPSNASKARILCLKGRDTHDGSRNSYALAWPHALPPGAAFLRGLAFVSYNHYDYDNMWHGLSAAVPFVAWHIRSGGRCPYQDITLRPPPPQRWVLYHHGELRTRAGPWLSTLMEAAFGGPMSVERFDTVAGDGTAPAACFERAVVMRHNEGGMS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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