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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000016

染色体: Chr01 坐标: 346189-354787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000016
名称SmilChr01G000016
描述gamma-tubulin complex component 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向346189 - 354787 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007163
GeneID131007163
locus_tag-
NCBI NameLOC131007163
原始查询SmilChr01G000016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述gamma-tubulin complex component 2-like
产物gamma-tubulin complex component 2-like
ArabidopsisAT5G17410 (AT5G17410)
Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831607]
identity=72.5; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0501700
-
identity=70.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0000922 (spindle pole); GO:0000923 (equatorial microtubule organizing center); GO:0005813 (centrosome); GO:0007020 (microtubule nucleation); GO:0008275 (gamma-tubulin small complex); GO:0031122 (cytoplasmic microtubule organization); GO:0043015 (gamma-tubulin binding); GO:0051011 (microtubule minus-end binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0051321 (meiotic cell cycle)
KEGG-
PfamPF04130 (GCP_C_terminal); PF17681 (GCP_N_terminal)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007163

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790306.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790306.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057790306.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790308.1
5 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057790306.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:351201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B30,B82,C58,D2
Chr1:351367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D4
Chr1:351382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,D2
Chr1:351736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B42
Chr1:351743 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 125 A10,A14,A15,A16,A18,A2,A25,A3,A4,A5,A8,B101,B105,B107,B108,B109,B110,B112,B113,B117,B119,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B131,B136,B16,B19,B2,B20,B22,B24,B26,B3,B30,B32,B33,B34,B37,B38,B39,B40,B42,B45,B47,B50,B52,B54,B55,B64,B66,B69,B77,B78,B79,B8,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B9,B92,B94,B99,C1,C14,C15,C16,C17,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C40,C41,C42,C44,C45,C48,C5,C52,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C63,C64,C65,C67,C69,C7,C72,C73,C77,C79,C80,C81,C82,C83,C87,D3,D4,D5,D6,D7,D9
Chr1:351748 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 18 A14,A4,B10,B102,B2,B26,B36,B51,B89,C12,C29,C36,C47,C52,C57,C76,C8,D2
Chr1:351756 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 4 A3,A4,B7,C69
Chr1:351756 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 4 A3,A4,B7,C69
Chr1:351763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A4,B36
Chr1:354180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790306.1
693 aa
N
1
346
693
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 60-351 aa PF04130 GCP_C_terminal 354-684 aa
XP_057790307.1
688 aa
N
1
344
688
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 55-346 aa PF04130 GCP_C_terminal 349-679 aa
XP_057790308.1
640 aa
N
1
320
640
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 7-298 aa PF04130 GCP_C_terminal 301-631 aa
XP_057790309.1
640 aa
N
1
320
640
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 7-298 aa PF04130 GCP_C_terminal 301-631 aa
XP_057790310.1
599 aa
N
1
300
599
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 2-257 aa PF04130 GCP_C_terminal 260-590 aa
XP_057790311.1
599 aa
N
1
300
599
GCP_N_terminal
GCP_C_terminal
C
PF17681 GCP_N_terminal 2-257 aa PF04130 GCP_C_terminal 260-590 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790306.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 60 351 1.5e-77 261.8 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790306.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 354 684 2.8e-63 214.9 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790307.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 55 346 1.5e-77 261.8 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790307.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 349 679 2.8e-63 215.0 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790308.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 7 298 1.3e-77 262.0 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790308.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 301 631 2.3e-63 215.2 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790309.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 7 298 1.3e-77 262.0 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790309.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 301 631 2.3e-63 215.2 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790310.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 2 257 5.2e-71 240.3 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790310.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 260 590 9.6e-64 216.5 Gamma tubulin complex component C-terminal
XP_057790311.1 Pfam PF17681 GCP_N_terminal Domain 2 257 5.2e-71 240.3 Gamma tubulin complex component N-terminal
XP_057790311.1 Pfam PF04130 GCP_C_terminal Domain 260 590 9.6e-64 216.5 Gamma tubulin complex component C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934324.1
AATAAAATTTCCAAAATTTTGAATTGAAGAGACAAATCTCTTCTCTCGCCTCTCTTCGTCTCTCTCCTCTCACACTCTTGTCGCCCCCGCTTCCGTCCGGTCGCCTCCGCACTACCGCCACAGGCTGCAACCGCGCCTCCACCCTCAGTCGACGGCCCCTCCCCCGTCCGCAGCCCTCCGTTCGTCTCCGTCCTCAGCAGCAGTTTCCTGCTTTAAGCCCGCCAAGTGCCCTTCCTTCGTCAGTCAGCAGTTGATGGATG...
XM_057934323.1
CAAAATTTTGAATTGAAGAGACAAATCTCTTCTCTCGCCTCTCTTCGTCTCTCTCCTCTCACACTCTTGTCGCCCCCGCTTCCGTCCGGTCGCCTCCGCACTACCGCCACAGGCTGCAACCGCGCCTCCACCCTCAGTCGACGGCCCCTCCCCCGTCCGCAGCCCTCCGTTCGTCTCCGTCCTCAGCAGCAGTTTCCTGCTTTAAGCCCGCCAAGTGCCCTTCCTTCGTCAGTCAGCAGTTGATGGATGAATACCATAAG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131007163
ATGGATGAATACCATAAGCACATGCTGATCGAACCTTCGAAGCAGCCGTTGCGTGCACCAATTGAAGCTTCAAAGCAGCCATCTGTACTTGAAGGATGTAGATCTTCTGGGGTGGACAAACCCATAGGTTGCTTCCATGCTGCAATTCAGTTGTGTCTTATGCAGGAGTTAATTGTTATTGACGATCTCTTGTCAGCATTGGTTGGGATTGACGGACGTTATATCTCTATCCGTAGAGTACACGGGAAGGATGATACTGT...
LOC131007163
ATGGATGAATACCATAAGCACATGCTGATCGAACCTTCGAAGCAGCCGTTGCGTGCACCAATTGAAGCTTCAAAGCAGCCATCTGTACTTGAAGGATGTAGATCTTCTGGGGTGGACAAACCCATAGGTTGCTTCCATGCTGCAATTCAGGAGTTAATTGTTATTGACGATCTCTTGTCAGCATTGGTTGGGATTGACGGACGTTATATCTCTATCCGTAGAGTACACGGGAAGGATGATACTGTATCCTTTCAAGTTGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057790306.1
MDEYHKHMLIEPSKQPLRAPIEASKQPSVLEGCRSSGVDKPIGCFHAAIQLCLMQELIVIDDLLSALVGIDGRYISIRRVHGKDDTVSFQVDASMDLALQESAKRIFPLCESYLLINQFVESRSQFKSGLVNHAFAAALRTLLLDYQAMVAQLEHQFRLGKLSVQGLWFYCQPMLGSMQALSIVIKKASASNFIGSAVLNLLQSQAKAMAGDHVVRSLLEKMSQSASQAYLGILERWVYEGVIDDPYGEFFIAENKSLQK...
XP_057790307.1
MDEYHKHMLIEPSKQPLRAPIEASKQPSVLEGCRSSGVDKPIGCFHAAIQELIVIDDLLSALVGIDGRYISIRRVHGKDDTVSFQVDASMDLALQESAKRIFPLCESYLLINQFVESRSQFKSGLVNHAFAAALRTLLLDYQAMVAQLEHQFRLGKLSVQGLWFYCQPMLGSMQALSIVIKKASASNFIGSAVLNLLQSQAKAMAGDHVVRSLLEKMSQSASQAYLGILERWVYEGVIDDPYGEFFIAENKSLQKESLMQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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