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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000019

染色体: Chr01 坐标: 373434-375194 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000019
名称SmilChr01G000019
描述uncharacterized SmilChr01G000019
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向373434 - 375194 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007177
GeneID131007177
locus_tag-
NCBI NameLOC131007177
原始查询SmilChr01G000019

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dihydroorotate dehydrogenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828216]; symbol=AT4G01897; hit=AT4G01897; species=arabidopsis; confidence=medium
产物dihydroorotate dehydrogenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828216]; symbol=AT4G01897; hit=AT4G01897; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G01897 (AT4G01897)
dihydroorotate dehydrogenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828216]
identity=52.1; qcov=1.14; evalue=3.72e-40; confidence=medium
RiceOs03g0564200
-
identity=50; qcov=1.08; evalue=1.48e-32; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF06108 (DUF952)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007177

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790332.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790332.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057790333.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790332.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790332.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:373708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790332.1
129 aa
N
1
64
129
DUF952
C
PF06108 DUF952 17-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790332.1 Pfam PF06108 DUF952 Family 17 112 1.3e-23 83.4 Protein of unknown function (DUF952)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934349.1
CGAGATGGCTGCTATATAATGATAATCTCACTAATTTCAAGAATAAAAATATTAGTATAAGAAAAATTGTCAGCATCAACCGACAAAGAGTATATTTTCTCCAAAATTGAGTCAACCAATTGCAACAAAGCGGTGGTTGACAATGGCTGCAAATGAGGGATTGAAAGAAGGCGAAGAATTTGTGTACAGGATCAGCACTGCCGAGGAATGGGAGGAGCTGCGGCGGAGCGGCGCTACTTTCGGCGGAAATATCGATCAAT...
XM_057934350.1
AAAATATTAGTATAAGAAAAATTGTCAGCATCAACCGACAAAGAGTATATTTTCTCCAAAATTGAGTCAACCAATTGCAACAAAGCGGTGGTTGACAATGGCTGCAAATGAGGGATTGAAAGAAGGCGAAGAATTTGTGTACAGGATCAGCACTGCCGAGGAATGGGAGGAGCTGCGGCGGAGCGGCGCTACTTTCGGCGGAAATATCGATCAATCAACTGGTTGTTTCCATCTCAGCAAGCTCGATCAGCTTGGAAATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007177
ATGGCTGCAAATGAGGGATTGAAAGAAGGCGAAGAATTTGTGTACAGGATCAGCACTGCCGAGGAATGGGAGGAGCTGCGGCGGAGCGGCGCTACTTTCGGCGGAAATATCGATCAATCAACTGGTTGTTTCCATCTCAGCAAGCTCGATCAGCTTGGAAATGGCTTGATCTACGAAGCTGTGGATGAGTCCAATATATTTCCTCATTTCTACGGTCCATCCCGAAGTTTCAGCCCACTTCCATTAGACGCCGTTGCAAA...
LOC131007177
ATGGCTGCAAATGAGGGATTGAAAGAAGGCGAAGAATTTGTGTACAGGATCAGCACTGCCGAGGAATGGGAGGAGCTGCGGCGGAGCGGCGCTACTTTCGGCGGAAATATCGATCAATCAACTGGTTGTTTCCATCTCAGCAAGCTCGATCAGGTCCAATCAACTTTGCAAAACTTTTTCTTGAATGTTAAGGAGGATCTATACCTACTCAAAATAGATGCTAAAAAGCTTGGAAATGGCTTGATCTACGAAGCTGTGGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790332.1
MAANEGLKEGEEFVYRISTAEEWEELRRSGATFGGNIDQSTGCFHLSKLDQVQSTLQNFFLNVKEDLYLLKIDAKKLGNGLIYEAVDESNIFPHFYGPSRSFSPLPLDAVAKAEKLTLSDGRYECSLLT
XP_057790333.1
MAANEGLKEGEEFVYRISTAEEWEELRRSGATFGGNIDQSTGCFHLSKLDQLGNGLIYEAVDESNIFPHFYGPSRSFSPLPLDAVAKAEKLTLSDGRYECSLLT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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