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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000020

染色体: Chr01 坐标: 382559-384884 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000020
名称SmilChr01G000020
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向382559 - 384884 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007167
GeneID131007167
locus_tag-
NCBI NameLOC131007167
原始查询SmilChr01G000020

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase LIP-4-like
产物GDSL esterase/lipase LIP-4-like
ArabidopsisAT1G56670 (AT1G56670)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842122]
identity=47.7; qcov=0.994; evalue=2.53e-109; confidence=high
RiceOs01g0329900 (OsGELP14)
-
identity=48.4; qcov=0.935; evalue=3.51e-108; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007167

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057790316.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790315.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790316.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790316.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790316.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:382772 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:382894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr1:383086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,D1,D11
Chr1:383091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C41
Chr1:383235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:383447 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B103,C29
Chr1:383447 G GAT 2bp_insertion CDS_variant 2 B103,C29
Chr1:383572 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B110,C50
Chr1:383572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790315.1
364 aa
N
1
182
364
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-347 aa
XP_057790316.1
356 aa
N
1
178
356
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790315.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 347 5.8e-45 154.7 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase
XP_057790316.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 339 3.8e-43 148.8 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934333.1
ATTAGCATTCCATGGTACTCCATATTTTATTAATTCGCCCATGCCATTTTTATATAGAGATAGTATAGTGGCTGCATATATATATAACAAAGTCAATATTCATCTGATCCATGGTGATGCCTAACAACATCAAGACATGGGTTGTTATTACAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTGAAGAAGCCGTGATTTTCAATTTCGGCGACTCAAACTCCGACACGG...
XM_057934332.1
ATGGTACTCCATATTTTATTAATTCGCCCATGCCATTTTTATATAGAGATAGTATAGTGGCTGCATATATATATAACAAAGTCAATATTCATCTGATCCATGGTGATGCCTAACAACATCAAGACATGGGTTGTTATTACAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTGAAGAAGCCGTGATTTTCAATTTCGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131007167
ATGGGTTGTTATTACAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTGAAGAAGCCGTGATTTTCAATTTCGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGCCGCAAATGGGTTCAACTTCGGATACCCTTACGGCCGCGCCTTCTTCCATCAGCCCACGGGTCGACTCTCTGATGGTGAGAATGTGCACACAAGTTATCTAAAAGCTTACCTAAACCCACTAGA...
LOC131007167
ATGGGTTGTTATTACAACTACAAGAGATGTGTTTTCTCCCTTATGTTAAGGTTGTGTCTTATTCCTTTGGTTGCATCTGAAGAAGCCGTGATTTTCAATTTCGGCGACTCAAACTCCGACACGGGCGGATTTGCTGCCGCAAATGGGTTCAACTTCGGATACCCTTACGGCCGCGCCTTCTTCCATCAGCCCACGGGTCGACTCTCTGATGGTCGCCTAATCCTCGATTTTCTATGTGAGAATGTGCACACAAGTTATCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057790315.1
MGCYYNYKRCVFSLMLRLCLIPLVASEEAVIFNFGDSNSDTGGFAAANGFNFGYPYGRAFFHQPTGRLSDGRLILDFLCENVHTSYLKAYLNPLEPDVSVSKGVNFAVSGSSILPPNALFNLGVQINQFSLFHNRSLHLRSKGRKDVLDKKDFKNAIYIFDIGQNDLTIALTFNPLPYDQVVENIPSFISGIKDAMWAIYKLGGRNFWVHNTGPLGCLPQQLGIRRPNITQVDELGCISILNEAARLFNSNLNHLCQQLR...
XP_057790316.1
MGCYYNYKRCVFSLMLRLCLIPLVASEEAVIFNFGDSNSDTGGFAAANGFNFGYPYGRAFFHQPTGRLSDGENVHTSYLKAYLNPLEPDVSVSKGVNFAVSGSSILPPNALFNLGVQINQFSLFHNRSLHLRSKGRKDVLDKKDFKNAIYIFDIGQNDLTIALTFNPLPYDQVVENIPSFISGIKDAMWAIYKLGGRNFWVHNTGPLGCLPQQLGIRRPNITQVDELGCISILNEAARLFNSNLNHLCQQLRIQMKHSTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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