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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000044

染色体: Chr01 坐标: 710815-712410 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000044
名称SmilChr01G000044
描述uncharacterized SmilChr01G000044
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向710815 - 712410 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007173
GeneID131007173
locus_tag-
NCBI NameLOC131007173
原始查询SmilChr01G000044

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0467600; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0467600; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0467600
-
identity=34.6; qcov=0.391; evalue=1.67e-06; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04504 (GeBP-like_DBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007173

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790325.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790325.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790325.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790325.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790325.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:711984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:712210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C19,C23,C61,C9,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790325.1
266 aa
N
1
133
266
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 41-127 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790325.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 41 127 9.5e-15 55.8 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934342.1
ATTCTCTACCAAGCCAAAAAACCGGGTTTTAAGTGAGTGTCCAATTATCACTACCCTTGTATTAATTGCCTTTATTAAATAATCATCATCACACAATTAATAGAGCCGAAAACGAAGTGGAGTAGTATTTTAGAACCCTAAAACAAGCAGGCGCAGCGGTTGAGTTCCCCAAAAAGGCGGGTGTTAGAGTTGTCCGATGTCGGCGAAAGAAAACGAGATGCGCAAGCAAGGTGATTCTGATTGCAGTTCCGATTCTGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007173
ATGTCGGCGAAAGAAAACGAGATGCGCAAGCAAGGTGATTCTGATTGCAGTTCCGATTCTGGGAGCGGAGCACAAGCTATGACGCTAGCACTGAAACCGAAACACCCGCCGTCGTCGTCGTCTAAGGTATTTAGCGACGAAGACTCAATAACGCTGTTAAAGAGTCTAGCCGTTTTCTGGGCTAGTGGTAGAAATAATAAGTGGGCAGACTTCCACCGGATCGTCAAGGACAAACTTTCCAAGCCAGATTTTACGCGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790325.1
MSAKENEMRKQGDSDCSSDSGSGAQAMTLALKPKHPPSSSSKVFSDEDSITLLKSLAVFWASGRNNKWADFHRIVKDKLSKPDFTRVQISEKVRSLNKKYKTNWQRGRVPDDPHELVVYELSKPLWEDEMNQESGKGMKKNKKSGLWEDEMNQESGKGMKKNKKSGLWEDEMNQESGKGMKKNKKRKRERNPTLDEFRSSYPNLYASFNMFGFPPKIARERFVLIGREKAQKLENEWKQLTEELHCLEGKRLALSTKPTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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