当前解析结果
SmilChr01G000057| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000057 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000057 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000057 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 901436 - 902026 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007203 |
|---|---|
| GeneID | 131007203 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007203 |
| 原始查询 | SmilChr01G000057 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0786500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0786500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0786500- identity=39.1; qcov=0.343; evalue=8.28e-06; confidence=low |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06839 (Zn_ribbon_GRF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007203 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057790339.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057790339.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057790339.1 |
| 4 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057790339.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790339.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:901671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr1:901784 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr1:901905 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B91,C43,C48 |
Chr1:901924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A19,B71 |
Chr1:901962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C12,C52 |
Chr1:901966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C12,C52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790339.1PF06839
Zn_ribbon_GRF 4-45 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790339.1 |
Pfam | PF06839 |
Zn_ribbon_GRF | Domain | 4 | 45 | 2.7e-07 | 31.3 | GRF zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。