当前解析结果
SmilChr01G000129| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000129 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000129 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000129 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 2188602 - 2191097 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007254 |
|---|---|
| GeneID | 131007254 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007254 |
| 原始查询 | SmilChr01G000129 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236]; symbol=AT1G02475; hit=AT1G02475; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236]; symbol=AT1G02475; hit=AT1G02475; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT1G02475 (AT1G02475)Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839236] identity=76.3; qcov=0.688; evalue=9.29e-84; confidence=high |
| Rice | Os01g0328600- identity=73.9; qcov=0.208; evalue=1.56e-18; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03364 (Polyketide_cyc); PF10604 (Polyketide_cyc2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007254 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057790389.1 |
| 2 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 1.00000 | XP_057790389.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057790389.1 |
| 4 | Chloroplast thylakoid membrane | 类囊体膜 | 0.20000 | XP_057790389.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790389.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:2188726 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,C21 |
Chr1:2190873 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B49,C74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790389.1PF10604
Polyketide_cyc2 76-209 aa
PF03364
Polyketide_cyc 81-208 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790389.1 |
Pfam | PF10604 |
Polyketide_cyc2 | Family | 76 | 209 | 1.1e-08 | 36.1 | Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport |
XP_057790389.1 |
Pfam | PF03364 |
Polyketide_cyc | Family | 81 | 208 | 1.7e-15 | 58.1 | Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。