Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000139`

染色体: Chr01 坐标: 2339700-2341885 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000139`
名称	SmilChr01G000139
描述	uncharacterized SmilChr01G000139
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	2339700 - 2341885 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007261`
GeneID	`131007261`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007261`
原始查询	`SmilChr01G000139`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tolB protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828228]; symbol=AT4G01870; hit=AT4G01870; species=arabidopsis; confidence=high
产物	tolB protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828228]; symbol=AT4G01870; hit=AT4G01870; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G01870` (AT4G01870) tolB protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828228] identity=59.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0638100` (OJ1340_C08.105) - identity=54.5; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07676 (PD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007261

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057790399.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790399.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790399.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790399.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790399.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:2340328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C8,D6
`Chr1:2340347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B71,C65
`Chr1:2340359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr1:2340383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:2340634`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr1:2340634`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr1:2340646`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B105,B33,B36,B64,B66,C40,C71,D5
`Chr1:2340683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B36
`Chr1:2340719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:2340791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:2340807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B123,B40,B72,C13
`Chr1:2340809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B123,B40,B72,C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790399.1

641 aa

320

641

PD40

PF07676 PD40 414-542 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790399.1`	Pfam	`PF07676`	PD40	Repeat	414	542	1.5e-36	126.7	TolB beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934416.1
GTTTATCAGAAGAATCTTATGGGGTAGGTAGGAATGTAGGGTTATGTATAATATCAGAATAATTAATTCCTTAATTAATTAATTATTATCCAAAAAAATGATAAATGTATCATCGATTTCCTACACATTTTGTCGGTTGATACTCTTCCACTTGCTCCATATTTTTCATCTTCATCTCTCTAATTATCTCTCTCACTCTCACATCTCTACTGTAATATGTCGCCAATTGTTGGTACCATAGTCTTCTCCACCGTCGGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007261
ATGTCGCCAATTGTTGGTACCATAGTCTTCTCCACCGTCGGCCGCCCCAATTACGGCTTCGATATTTTCTCCGTTCAACTCAACGATTCCAACTTCTCCGAGCGCCGCCTCACCGACGGCGCATCCATCAACTTCAACGGCCGATTCGTCGACGACGACAACACGATCGTTTACATCTCCGAGAGAACAGGCTCTGCTCAGATATTCCTCAACCGACGCGGCGGCGGCGATGCTCACCCCGACCACCTCCACTCCGCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790399.1
MSPIVGTIVFSTVGRPNYGFDIFSVQLNDSNFSERRLTDGASINFNGRFVDDDNTIVYISERTGSAQIFLNRRGGGDAHPDHLHSAAESLFHDRPAVRNGRLYFISAHERPEKPFTSWCALYSAGPDDKRAVRLTPYGSVDFSPAVSPSGKLIAVASYGSRRWGGEFHDLLTDIVVFSDSNPTKRILVCEHGGWPTWSGDSTLYFHRQSDDGWWSIFRVDLPHDFASSAASLAPLRITPPGLHCFTPAAVPNSLRIAVAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器