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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000175`

染色体: Chr01 坐标: 2852209-2853163 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000175`
名称	SmilChr01G000175
描述	RING-H2 finger protein ATL2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	2852209 - 2853163 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007282`
GeneID	`131007282`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007282`
原始查询	`SmilChr01G000175`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL2-like
产物	RING-H2 finger protein ATL2-like
Arabidopsis	`AT3G16720` (ATL2) TOXICOS EN LEVADURA 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820924] identity=45.4; qcov=0.717; evalue=9.67e-37; confidence=medium
Rice	`Os02g0820200` - identity=31.5; qcov=0.958; evalue=3.83e-23; confidence=low
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endosome	内体	1.00000	`XP_057790411.1`
2	Endosome membrane	内体膜	0.40000	`XP_057790411.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057790411.1`
4	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057790411.1`
5	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057790411.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:2852454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr1:2852732`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,B76
`Chr1:2852862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B78,C2,C32,C68
`Chr1:2852896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr1:2852907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C14
`Chr1:2853003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B105,C21,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790411.1

212 aa

106

212

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

PF17123 zf-RING_11 88-117 aa PF13923 zf-C3HC4_2 88-130 aa PF13639 zf-RING_2 88-131 aa PF00097 zf-C3HC4 89-130 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790411.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	88	117	3.3e-11	43.4	RING-like zinc finger
`XP_057790411.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	88	130	7.6e-08	32.7	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057790411.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	88	131	7.9e-14	52.4	Ring finger domain
`XP_057790411.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	89	130	1.8e-05	25.2	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934428.1
AATTAAACATCTAATTTTAGACGTAACGGTTGGACACTACAATTATGTAATTTGGCATTGATATGATAGCTACCATTCCGTGTATAAAATCGAAGTGCCATAAATGGGCAAGAATCTAGTCATTCCAAAATCATGGGCTTCTTCTATTACAGATCTCTATATGTATAAGCAAATCTCTCTCAAAACTTATACCCACAAAAAATCTCGTCGAGTTTCGACAAAATGGACGAGAAAAATCAAGATTCGATCGGATACGCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007282
ATGGACGAGAAAAATCAAGATTCGATCGGATACGCCTTCAAGGGTAAGATCATGATCTCATCCATCGCCATACTTTTCTTCGCCTGCTTCGTCATAGTCGCATTCCACGTCTGCCGCCGCCGCCGCTCCGACCGCCATCTCCGCCGCGTCACCTCTCCCGCCGCCGCCCCGCTACCTGCCGCCTCTCGGGGCCTCGATCCCCTCGCCGTCAGCTCGCTTCCCACTTTCGCCTACAAATCGGAGAATCAAGAATCTCCGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790411.1
MDEKNQDSIGYAFKGKIMISSIAILFFACFVIVAFHVCRRRRSDRHLRRVTSPAAAPLPAASRGLDPLAVSSLPTFAYKSENQESPPECAVCLSEFEEGETGRILPECNHCFHVDCIDAWLRSHIHCPLCRNRVKAGSPPDCAVVSIHELEGAVQGSGSGLSQAGEGDGCPPSSSEDPDIPTRRDMNKSEGAPDPDRTLNQDPGFRVARFWL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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