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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000179

染色体: Chr01 坐标: 2940477-2940953 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000179
名称SmilChr01G000179
描述uncharacterized SmilChr01G000179
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向2940477 - 2940953 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024469
GeneID131024469
locus_tag-
NCBI NameLOC131024469
原始查询SmilChr01G000179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057810265.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057810265.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810265.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810265.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:2940477 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 29 A13,A2,A7,B12,B137,B16,B19,B20,B23,B26,B29,B41,B55,B58,B6,B78,B86,C15,C17,C42,C46,C52,C74,C76,C79,C81,C9,D3,D5
Chr1:2940492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:2940502 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 13 A20,A22,B1,B122,B123,B22,B33,B51,B59,B60,C14,C23,C37
Chr1:2940504 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 13 A20,A22,B1,B122,B123,B22,B33,B51,B59,B60,C14,C23,C81
Chr1:2940566 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 91 A1,A11,A19,A2,A24,A25,A4,A9,B1,B101,B102,B104,B105,B107,B11,B115,B118,B119,B12,B123,B124,B125,B130,B131,B137,B138,B139,B140,B16,B17,B19,B2,B22,B23,B24,B26,B3,B32,B35,B36,B37,B46,B47,B49,B53,B58,B6,B60,B65,B75,B76,B77,B78,B81,B83,B90,B93,B98,C10,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C35,C36,C42,C44,C46,C48,C51,C53,C60,C65,C68,C72,C73,C74,C79,C8,C80,C81,C83,C85,C87,D5,D8
Chr1:2940570 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 80 A1,A19,A25,A4,A9,B1,B101,B102,B104,B105,B107,B11,B115,B118,B119,B12,B123,B124,B125,B130,B131,B139,B140,B16,B17,B19,B2,B22,B24,B26,B3,B32,B35,B36,B37,B46,B47,B49,B53,B58,B6,B60,B65,B75,B76,B77,B78,B81,B83,B90,B93,C10,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C35,C42,C44,C46,C48,C51,C53,C60,C65,C68,C73,C74,C79,C8,C80,C81,C83,C85,D8
Chr1:2940578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:2940605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:2940611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:2940618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr1:2940621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B124,B129,B54,C1
Chr1:2940633 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 A10,A15,B53,B75,B97,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954282.1
ATGAGCCCGCACCGTCTCGTTTATAAAAAGGTGTGCCACCTGCCTATAGAGATTGAGCATAAAGCATACTGGGCAATTAAAGCAGCAAATTGCAATGTGGACACCGCAGTGAAGCAGCGTATGCTACAGATGGAGGAATTGGAGGAATTGCGAAATGAGGCGTATGAGAACACCAGGATATATAAAGACAAGGTGAAGCGGCTGCATGATCACCGTATTTCTCACAAGGAGCTTCGCCCGAGAATGAAGGTGTTATTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024469
ATGAGCCCGCACCGTCTCGTTTATAAAAAGGTGTGCCACCTGCCTATAGAGATTGAGCATAAAGCATACTGGGCAATTAAAGCAGCAAATTGCAATGTGGACACCGCAGTGAAGCAGCGTATGCTACAGATGGAGGAATTGGAGGAATTGCGAAATGAGGCGTATGAGAACACCAGGATATATAAAGACAAGGTGAAGCGGCTGCATGATCACCGTATTTCTCACAAGGAGCTTCGCCCGAGAATGAAGGTGTTATTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810265.1
MSPHRLVYKKVCHLPIEIEHKAYWAIKAANCNVDTAVKQRMLQMEELEELRNEAYENTRIYKDKVKRLHDHRISHKELRPRMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWSGPFLLKEVFNHGEVELYNENTNESFIVNGHRVKSYFEHHSPPMVVESQALHNPDC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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