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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000198

染色体: Chr01 坐标: 3392795-3394156 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000198
名称SmilChr01G000198
描述ethylene-responsive transcription factor ERF071-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向3392795 - 3394156 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007300
GeneID131007300
locus_tag-
NCBI NameLOC131007300
原始查询SmilChr01G000198

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ethylene-responsive transcription factor ERF071-like
产物ethylene-responsive transcription factor ERF071-like
ArabidopsisAT2G47520 (ERF71)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819365]
identity=38.6; qcov=0.981; evalue=3.81e-43; confidence=medium
RiceOs06g0194000 (ERF71)
-
identity=47.4; qcov=0.676; evalue=1.21e-36; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007300

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790424.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790424.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790424.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790424.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057790424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:3393131 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr1:3393160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:3393419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr1:3393884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B124,B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790424.1
259 aa
N
1
130
259
AP2
C
PF00847 AP2 72-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790424.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 72 120 3e-13 50.5 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934441.1
ACCAACATTCAATGCAGAATTGCCCCGAACCGACCGATTCGGTCCAATTCGGCGGTTTTAGTCCGGTTCTGCACACCCCCATCTTTTAGCTAAACTGTAGTAGCTTCATTTATATATAAAGCTAAAGCTTCGTCTCTTTCTCTCGTAACTTCAAAGCGTAAGCTATCACAAAGATTTGTAACCCTCATTTCCAATCCAAAAATTATCTCTGTTTTTCCGGTTGCATCAATCTTCTTCTTAATTTTCTCTTCATATAATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007300
ATGTGTGGCGGTGCAATCCTCGCCGGACTTATTCCCAGCCGCCACGTCTCATCCACCGACATCCTTCCCACCGCCGCAGACTTCTGGCCGGCCGCTTTCAGCTATTCTGACCAGAACGACGCTCCTCCTCTCAAACGATCAAGATCCTCTGCAGGCGATGAGCATGTGTCGAAGAACAATGGTCCGAAGAGTAAGAAGCAGAGGAAAAATCTGTACAGGGGGATACGGCAGCGGCCGTGGGGGAAATGGGCGGCAGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790424.1
MCGGAILAGLIPSRHVSSTDILPTAADFWPAAFSYSDQNDAPPLKRSRSSAGDEHVSKNNGPKSKKQRKNLYRGIRQRPWGKWAAEIRDPRKGVRVWLGTYNTAEEAAHAYDREARKIRGKKAKVNFPNEDDDYSCNYNPSPNFEYYSEFNQAGLGICDYVETFYAVNDAADAKPEANESGGKDAVIGPAAEAAKEEKHAAAENDEVQKLSEELMAYENYMKFYQIPYYDGQSQSPPPPSNPPPDTVELWSFDEVSGEH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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