Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000199`

染色体: Chr01 坐标: 3433717-3434676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000199`
名称	SmilChr01G000199
描述	uncharacterized SmilChr01G000199
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	3433717 - 3434676 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990487`
GeneID	`130990487`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990487`
原始查询	`SmilChr01G000199`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827896]; symbol=WRKY22; hit=AT4G01250; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827896]; symbol=WRKY22; hit=AT4G01250; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G01250` (WRKY22) WRKY family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827896] identity=68.6; qcov=0.25; evalue=4.4e-09; confidence=weak
Rice	`Os01g0750100` (WRKY13) - identity=95; qcov=0.143; evalue=6.49e-08; confidence=weak
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF03106 (WRKY)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057770904.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057770904.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770904.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770904.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770904.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:3433765`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B55
`Chr1:3433796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,C15,C17
`Chr1:3433797`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr1:3433810`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:3433823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,C15,C17
`Chr1:3433858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:3433860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B137,C15,C17
`Chr1:3433883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B36,C51,C6,C77
`Chr1:3433911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B37
`Chr1:3433927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C60
`Chr1:3433927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:3433931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B99,C32,C35,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770904.1

140 aa

140

WRKY

PF03106 WRKY 9-29 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770904.1`	Pfam	`PF03106`	WRKY	Domain	9	29	9.9e-06	26.4	WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914921.1
ATGGCGCAAGAAGAGCTCTCTGTTGATTCATGGGCATGGCGGAAATACGGTCATAAGCCCATTAAAGGTTCTCCATATCCGAGGTGCAGCACCCGCAGCAAACTCGCTTCTCCGCTGCCCAAAGGGCTCGATGTCGAATATGGCTTTTTCTTCTTCTTCGTCGCTCGCCGCCGGAGCGAGTTTATCTCCGGATACTCCGTCGATGGAAGGCGAACGCAGAACGAGGACGTGCAGATGGCCGAGGAGGACGATGGCGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990487
ATGGCGCAAGAAGAGCTCTCTGTTGATTCATGGGCATGGCGGAAATACGGTCATAAGCCCATTAAAGGTTCTCCATATCCGAGGTGCAGCACCCGCAGCAAACTCGCTTCTCCGCTGCCCAAAGGGCTCGATGTCGAATATGGCTTTTTCTTCTTCTTCGTCGCTCGCCGCCGGAGCGAGTTTATCTCCGGATACTCCGTCGATGGAAGGCGAACGCAGAACGAGGACGTGCAGATGGCCGAGGAGGACGATGGCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770904.1
MAQEELSVDSWAWRKYGHKPIKGSPYPRCSTRSKLASPLPKGLDVEYGFFFFFVARRRSEFISGYSVDGRRTQNEDVQMAEEDDGAVDEDDENIIMIPSDLMIDDDDIHLEFSRLRKCFGFSSLCKCFGFSYLHRHFGYL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器