Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000209`

染色体: Chr01 坐标: 3699722-3705487 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000209`
名称	SmilChr01G000209
描述	nicotinamide adenine dinucleotide transporter 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	3699722 - 3705487 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007310`
GeneID	`131007310`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007310`
原始查询	`SmilChr01G000209`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nicotinamide adenine dinucleotide transporter 1, chloroplastic-like
产物	nicotinamide adenine dinucleotide transporter 1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT2G47490` (NDT1) NAD+ transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819362] identity=74.8; qcov=0.981; evalue=1.59e-161; confidence=high
Rice	`Os05g0357200` - identity=75.5; qcov=0.956; evalue=5.99e-163; confidence=high
GO	GO:0035352 (NAD transmembrane transport); GO:0051724 (NAD transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF00153 (Mito_carr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007310

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057790434.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057790434.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057790434.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790434.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790434.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:3700590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B140,B55
`Chr1:3700600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B76
`Chr1:3700755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B76
`Chr1:3703570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:3705000`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,B76
`Chr1:3705033`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790434.1

316 aa

158

316

Mito_carr

PF00153 Mito_carr 14-105 aa PF00153 Mito_carr 113-205 aa PF00153 Mito_carr 219-304 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790434.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	14	105	9.3e-79	260.0	Mitochondrial carrier protein
`XP_057790434.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	113	205	9.3e-79	260.0	Mitochondrial carrier protein
`XP_057790434.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	219	304	9.3e-79	260.0	Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934451.1
GTTAATATCCGTCGAAATTCGACGGCTTACACGCTAATTTGCATTTACGCTCCCAAAATTCAACTAAATCCTATTCACTTCTTCCTTTCTCTCTCTACAACAACTGCGAGGATCCGAATCTGCGTTTTCTTTTTTTCGTTCCTCTTTTCCGATCTTTATTTAATCCTTATTCAAGATTACGTCGCCGCATACGCTCAAGATTCAAAGTAATACTTGATTCCTGAACCCTAGGATTACATTGATTTCTCCGCCGGGGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007310
ATGGTCGTTGATACGCACGTCCCTAGTTCGAGGGGGCTGCTGTGCAATGCTGGCGCAGGTGCCGCAGCTGGAGTGATTGCAGCTACTTTTGTGTGTCCACTTGATGTTATCAAGACAAGGCTGCAGGTCCATGGGCTACCGCAGCTCACTAATACTAATATTAGAGGTAGTATTATATTTGGAAGCTTAGAACAAATATTTCGGAAGGAGGGGTTGCGTGGCATGTACCGCGGGCTTTCACCTACTGTGCTTGCGTTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790434.1
MVVDTHVPSSRGLLCNAGAGAAAGVIAATFVCPLDVIKTRLQVHGLPQLTNTNIRGSIIFGSLEQIFRKEGLRGMYRGLSPTVLALLPNWAVYFTIYDHLKSSLGADDVNHHQLSVGANMIAASGAGAATTIVTNPLWVVKTRFQTQGIRPGVVLYRGTFSALRRIIHEEGIRGLYSGLVPALAGISHVAIQFPTYEKIKSYLADRNNTTTDKLGASDVALASSVSKIFASTLTYPHEVVRSRLQEQGHHSKKRYSGVVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器