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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000239

染色体: Chr01 坐标: 4489497-4492600 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000239
名称SmilChr01G000239
描述uncharacterized SmilChr01G000239
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向4489497 - 4492600 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015572
GeneID131015572
locus_tag-
NCBI NameLOC131015572
原始查询SmilChr01G000239

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述pollen-specific LRR extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817133]; symbol=AT2G25920; hit=AT2G25920; species=arabidopsis; confidence=high
产物pollen-specific LRR extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817133]; symbol=AT2G25920; hit=AT2G25920; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G25920 (AT2G25920)
pollen-specific LRR extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817133]
identity=57.3; qcov=0.973; evalue=3.18e-73; confidence=high
RiceOs05g0156200
-
identity=51.3; qcov=0.76; evalue=2.84e-49; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057799985.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057799985.1
3 Nuclear body 核内小体 0.60000 XP_057799985.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057799985.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057799985.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:4489788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:4490976 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:4491735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:4491887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944002.1
TTTTTCACTTTTTGTTTTGAGAGGGTTCATAATTTTTTCACTTAAATCAAATGAAAATCCAAATTCCCATACCAGTTAAAAAAGTAAACGATTGATTGTCCAACCCTTTTACGTTTTCATTTTTTAATCTCTTCTTCCAATTTCTTTTGCTTATTTTCATCGTGAAATGCAAAATTTGCTTTTTGTCGCAGTGCTGCAATTATTTTATTTGAGTTTTATTTTTTTGTTTTTTGGGGGGATGTAATGAAGTGACGGGAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015572
ATGGGGCCGGAAGGTAGCTCCGGTGCTTCGCCGGCGGCGGCGACCGCTAAACGAGGTAGAGATCCGGAAGATGAGGTTTACGTTGATAATCTGAACTCTCACAAGCGGTATCTTAGCGAGATCATGGCTTCAAGTTTGAATGGGCTGACGGTTGGAGATCCGCTACCTGACAATCTAATGGATTCTTCTGTGAGATCTGAGATAATGATGCCCTATCTTAGGGATGAGACTTCTGTACAGTATTCACCAATGTCTGAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057799985.1
MGPEGSSGASPAAATAKRGRDPEDEVYVDNLNSHKRYLSEIMASSLNGLTVGDPLPDNLMDSSVRSEIMMPYLRDETSVQYSPMSEDSDDSRYYESSTNTCSSQPESAPTSPVSPYRCQKPFVPGPATTSYPSHGPIISSSASPQSRHCQRGSDTEGRFPSSPSDICHSADLRRAALLRSVQMRTQPVGLSQFEMQLGPGQETGSNIEVEERPCSYLKLDVDERGDYPIAESTPVSMSESGDKKKSCRVLGVDMKEAKSA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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