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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000258

染色体: Chr01 坐标: 4955894-4959168 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000258
名称SmilChr01G000258
描述65-kDa microtubule-associated protein 9-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向4955894 - 4959168 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015667
GeneID131015667
locus_tag-
NCBI NameLOC131015667
原始查询SmilChr01G000258

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述65-kDa microtubule-associated protein 9-like
产物65-kDa microtubule-associated protein 9-like
ArabidopsisAT5G62250 (MAP65-9)
microtubule-associated protein 65-9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836346]
identity=33.3; qcov=0.712; evalue=6.9e-12; confidence=low
RiceOs05g0552900
-
identity=45.6; qcov=0.576; evalue=1.96e-14; confidence=low
GOGO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005819 (spindle); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057800086.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057800074.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057800074.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057800074.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057800086.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:4956156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr1:4956352 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 20 A23,A24,B126,B132,B23,B3,B32,B42,B61,B79,B80,B81,C19,C2,C35,C47,C48,C58,C62,D8
Chr1:4956511 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B119,C4,C46,C72
Chr1:4956513 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 56 A10,A22,A23,A5,A6,A7,A8,B111,B113,B122,B134,B135,B137,B14,B15,B16,B19,B27,B3,B45,B53,B59,B65,B67,B71,B76,B81,B84,B88,B89,B91,B93,B97,B99,C10,C11,C16,C24,C3,C35,C41,C42,C44,C46,C47,C49,C5,C54,C71,C72,C77,C80,C81,C86,C9,D5
Chr1:4956517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C76
Chr1:4957591 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,B70,C80
Chr1:4957601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:4957604 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 34 A20,B111,B120,B134,B139,B140,B18,B20,B21,B26,B29,B38,B39,B41,B43,B45,B74,B79,B91,B95,C1,C18,C25,C28,C29,C44,C49,C63,C67,C69,C72,D2,D4,D9
Chr1:4957692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,D1
Chr1:4957694 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr1:4957698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B37,B38,C12,C83
Chr1:4957699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B33,B70,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098671.1
TACCATCAACCATACAAACTTACTTTACAAAATTAACTCAAACCCTAACTTTGAATCTCACACCTTCGTCGCCAGAAAAATTGGGCATCTCCTCCGCCTGCCGCCGTAAACCTCCTCCGCCGCCATTCCCTGGAGAGACACTCTGTCTCCGCCGCTGTTCCCGTAAACCTCCTTCGCCACCTCGACAAACAGTTCCACCCGCTGCGCCGCCTCTTCTCTCTTCGGCGCCAGGTGATTCGCCAGCGCTGCCCCTTCCCTCT...
XR_009098670.1
TACCATCAACCATACAAACTTACTTTACAAAATTAACTCAAACCCTAACTTTGAATCTCACACCTTCGTCGCCAGAAAAATTGGGCATCTCCTCCGCCTGCCGCCGTAAACCTCCTCCGCCGCCATTCCCTGGAGAGACACTCTGTCTCCGCCGCTGTTCCCGTAAACCTCCTTCGCCACCTCGACAAACAGTTCCACCCGCTGCGCCGCCTCTTCTCTCTTCGGCGCCAGGTGATTCGCCAGCGCTGCCCCTTCCCTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131015667
ATGTCTCTTGCACAGCCTCATCGGCCATTGATGGTCATTTCCGAAGTGATGGATGAACGCCTACAGCAGCTGCTTCACCTATTGAATATCGTGAATGCTATGTGCTTGGTGCTTGGGATGAACTTCAAATCAACAATTTGCAGTGTGCATCCGTCTCTGGACAATGCATGTGAAAGAAAAAGTATAAGTGCAGATACAATTCAAGGTTTATCTGCTATGATATGTAGGCTTAAGAATGTTAAGTTACAGCGCATGCAAAC...
LOC131015667
ATGTCTCTTGCACAGCCTCATCGGCCATTGATGGTCATTTCCGAAGTGATGGATGAACGCCTACAGCAGCTGCTTCACCTATTGAATATCGTGAATGCTATGTGCTTGGTGCTTGGGATGAACTTCAAATCAACAATTTGCAGTGTGCATCCGTCTCTGGACAATGCATGTGAAAGAAAAAGTATAAGTGCAGATACAATTCAAGGTTTATCTGCTATGATATGTAGGCTTAAGAATGTTAAGTTACAGCGCATGCAAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057800074.1
MSLAQPHRPLMVISEVMDERLQQLLHLLNIVNAMCLVLGMNFKSTICSVHPSLDNACERKSISADTIQGLSAMICRLKNVKLQRMQTDGKLNSLEDKQVRVLLQMRCSCLGSLWLFISIIFSTCVMFEMCRIGSLGSIQ
XP_057800081.1
MSLAQPHRPLMVISEVMDERLQQLLHLLNIVNAMCLVLGMNFKSTICSVHPSLDNACERKSISADTIQGLSAMICRLKNVKLQRMQTDGKLNSLEDKQVRVLLQMRCSCLGSLWLFISIIFSTCVMFEMCRIGSLGSIQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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