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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000265

染色体: Chr01 坐标: 5117116-5122012 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000265
名称SmilChr01G000265
描述importin subunit alpha-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5117116 - 5122012 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015771
GeneID131015771
locus_tag-
NCBI NameLOC131015771
原始查询SmilChr01G000265

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述importin subunit alpha-like
产物importin subunit alpha-like
ArabidopsisAT3G06720 (IMPA-1)
importin alpha isoform 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819857]
identity=79.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0253300 (rImpa1a)
-
identity=80.1; qcov=0.977; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006607 (NLS-bearing protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00514 (Arm); PF01749 (IBB); PF02985 (HEAT); PF13513 (HEAT_EZ); PF13646 (HEAT_2); PF16186 (Arm_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057800182.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800182.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057800182.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057800182.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800182.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5117458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:5118177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr1:5118476 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B17,B2,C16,D7
Chr1:5118637 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B76
Chr1:5118933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:5119025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:5120873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:5121408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800182.1
530 aa
N
1
265
530
IBB
Arm
HEAT_2
HEAT_EZ
Arm
HEAT
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm
Arm_3
C
PF01749 IBB 12-94 aa PF00514 Arm 105-145 aa PF13646 HEAT_2 118-188 aa PF13513 HEAT_EZ 130-185 aa PF00514 Arm 148-186 aa PF02985 HEAT 160-186 aa PF00514 Arm 189-230 aa PF00514 Arm 274-312 aa PF00514 Arm 316-356 aa PF00514 Arm 358-397 aa PF00514 Arm 401-440 aa PF16186 Arm_3 456-500 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057800182.1 Pfam PF01749 IBB Repeat 12 94 4.4e-22 79.1 Importin beta binding domain
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 105 145 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF13646 HEAT_2 Repeat 118 188 2.6e-18 66.8 HEAT repeats
XP_057800182.1 Pfam PF13513 HEAT_EZ Repeat 130 185 8.9e-25 87.4 HEAT-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 148 186 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 160 186 6.2e-16 57.7 HEAT repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 189 230 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 274 312 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 316 356 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 358 397 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 401 440 3.3e-87 284.7 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057800182.1 Pfam PF16186 Arm_3 Repeat 456 500 1.4e-20 73.4 Atypical Arm repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944199.1
GACGGTCGTTGGAACCGCTATAATTCATCGGCCCATTCTCCAATTCACAGGAAAAGAAATTCTACGGTTTTCTCTCTCTACTCAACTCAATCAATACTGATTTTCTCTCTCTAGCGGAAAAAGAAATTCTCCGAATTCTGAAAACTTTTCGTCCGTATCCAAAAATATTCTTCCACACTACCATTCTCATCTGACACAAAAGAAGCAAACGCAATTATTGCGCAATATCGGCGATTTCTAGGATTTGAAATTTTGCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015771
ATGTCGTTGAGGCCGAACGCGAGGACGGAGGTCCGCCGGAGCCGGTACAAGGTGGCGGTGGACGCGGAGGAGGGACGGCGGAGGCGGGAGGACAACATGGTGGAGATCCGGAAGAATAGAAGAGAGGAGAATTTGCTGAAGAAGCGGCGGGAGGGGCTTCAAGCTCAGCAGTTACCGTCTGCAGTCAACGTTCCGCAGCTTGATAAGAAGTTAGAAAGTCTTCCCACGATGATTGCTGGTGTTTGGTCCAACGATGGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800182.1
MSLRPNARTEVRRSRYKVAVDAEEGRRRREDNMVEIRKNRREENLLKKRREGLQAQQLPSAVNVPQLDKKLESLPTMIAGVWSNDGPQQLESTTQFRKLLSIERNPPIEEVIQSGVVPRFVEFLARDDYPQLQFEAAWALTNIASGTSDNTKVVIDHGAVPIFVRLLTSPSDDVREQAVWALGNVAGDSPKCRDLVLGYGALMPLLSQFSDQSKLSMLRNATWTLSNFCRGKPQPQFEQVKPALLALTLLIHINDEEVLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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