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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000272

染色体: Chr01 坐标: 5414207-5415073 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000272
名称SmilChr01G000272
描述extensin-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5414207 - 5415073 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007719
GeneID131007719
locus_tag-
NCBI NameLOC131007719
原始查询SmilChr01G000272

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述extensin-like
产物extensin-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790646.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790646.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790646.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790646.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790646.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5414218 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 10 B125,B38,B39,B7,B95,B97,C28,C39,C72,C76
Chr1:5414222 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B111,B114,B123,B127,B44,B50
Chr1:5414234 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 9 B106,B126,B138,B51,B6,B95,C31,C70,C74
Chr1:5414236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C40
Chr1:5414238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:5414248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A20,B138,B65
Chr1:5414273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B114
Chr1:5414275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,C16,C34
Chr1:5414281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B91,C48
Chr1:5414293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D7
Chr1:5414294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B114,B123,B44,B50
Chr1:5414306 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B24,B95,C30,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934663.1
ATGAGCCAAAAAGGGGTCTGCACGCCCAGGGGTAGGCCGCCGCCTACCCACGGCGCCCGCCTACCGCGGCGCCCGCCTACACACGGCGCCCGCCTATGCCAGTTTTACGAAGGGGCATGTAGGCGGCCGCCTACCTACGGCGCCGCCTGCCCCTGCGCCCGCCTCCACCTAGGCGGCCGCCCACCCCCCAGCCCGGCCCGCCCAGCCCGAACCACACCCTCCCTTAAAACCCTAATTCACCCTCAAATTCCCCCCATCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007719
ATGAGCCAAAAAGGGGTCTGCACGCCCAGGGGTAGGCCGCCGCCTACCCACGGCGCCCGCCTACCGCGGCGCCCGCCTACACACGGCGCCCGCCTATGCCAGTTTTACGAAGGGGCATGTAGGCGGCCGCCTACCTACGGCGCCGCCTGCCCCTGCGCCCGCCTCCACCTAGGCGGCCGCCCACCCCCCAGCCCGGCCCGCCCAGCCCGAACCACACCCTCCCTTAAAACCCTAATTCACCCTCAAATTCCCCCCATCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790646.1
MSQKGVCTPRGRPPPTHGARLPRRPPTHGARLCQFYEGACRRPPTYGAACPCARLHLGGRPPPSPARPARTTPSLKTLIHPQIPPIRHPTLSPPYLFRHHNSPTPGDRRFFSPATGAAPSPVLCAQPLTILPPPPLQPPPPNSSHRLPTPATSTTATTTSLHHRNSSNLHHRNHHLSPPPQPATPYLHHRIQPPPPLHSPPTTTATFSSHRDLHHLPPATTLLQPPNQPPPPSISITANHQRPPLTQGARLIHGRLLHTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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