当前解析结果
SmilChr01G000280| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000280 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000280 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000280 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 5517309 - 5520264 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007998 |
|---|---|
| GeneID | 131007998 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007998 |
| 原始查询 | SmilChr01G000280 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=32.6; qcov=0.416; evalue=2.72e-59; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007998 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790905.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057790905.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057790905.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790905.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790905.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:5517315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 69 | A10,A11,A13,A18,A22,A25,A6,A7,A8,A9,B100,B106,B108,B112,B115,B12,B121,B123,B126,B127,B130,B134,B137,B19,B20,B23,B24,B27,B3,B32,B33,B35,B39,B40,B44,B50,B54,B59,B62,B72,B77,B80,B82,B90,B98,C13,C16,C19,C22,C26,C30,C31,C34,C35,C41,C47,C49,C53,C54,C57,C58,C62,C64,C66,C67,C70,C81,D4,D7 |
Chr1:5517316 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B1,B123,B39,B57,B59,C31,C54,C74 |
Chr1:5517329 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | B125,B140,B15,B56,B74,B90,B92,B96 |
Chr1:5517355 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C87 |
Chr1:5517359 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C73 |
Chr1:5517366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr1:5517375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr1:5517410 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B38,B68,B81 |
Chr1:5517422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | A9,B102,B113,B25,B46,B53,B61,B72,B94,C27,C70,C87 |
Chr1:5517424 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B76 |
Chr1:5517425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B9,B95 |
Chr1:5517449 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B10,B52,C41,C74,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790905.1PF00078
RVT_1 331-490 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 553-651 aa
PF17917
RT_RNaseH 586-680 aa
PF00075
RNase_H 712-823 aa
PF13456
RVT_3 716-832 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790905.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 331 | 490 | 1.1e-31 | 111.0 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057790905.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 553 | 651 | 9e-18 | 64.9 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057790905.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 586 | 680 | 6.2e-14 | 52.7 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057790905.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 712 | 823 | 4.4e-06 | 27.6 | RNase H |
XP_057790905.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 716 | 832 | 1.3e-13 | 51.6 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。