当前解析结果
SmilChr01G000283| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000283 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000283 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000283 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 5558989 - 5562387 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008254 |
|---|---|
| GeneID | 131008254 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008254 |
| 原始查询 | SmilChr01G000283 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=26; qcov=0.133; evalue=4.37e-11; confidence=weak |
| Rice | Os08g0202300- identity=30.9; qcov=0.335; evalue=2.59e-58; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008254 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791149.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057791149.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057791149.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791149.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791149.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:5559024 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,C55 |
Chr1:5559041 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr1:5559048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C3,C71,D8 |
Chr1:5559054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B110,B16,B88,C22 |
Chr1:5559058 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,D6 |
Chr1:5559096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B138,B55,C27 |
Chr1:5559210 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B2,B54 |
Chr1:5559231 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C23,C26 |
Chr1:5559253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr1:5559256 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C11 |
Chr1:5559272 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B121 |
Chr1:5559292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 55 | A16,A19,A25,A5,B100,B108,B111,B112,B113,B115,B126,B128,B133,B136,B16,B17,B18,B20,B29,B31,B33,B34,B35,B40,B41,B42,B43,B48,B49,B52,B58,B60,B64,B7,B72,B73,B79,B80,B98,C15,C30,C38,C43,C49,C6,C63,C69,C71,C76,C8,C83,D2,D6,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791149.1PF00078
RVT_1 451-610 aa
PF17919
RT_RNaseH_2 673-771 aa
PF17917
RT_RNaseH 700-800 aa
PF13456
RVT_3 835-954 aa
PF17921
Integrase_H2C2 1043-1094 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791149.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 451 | 610 | 5.2e-31 | 108.8 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057791149.1 |
Pfam | PF17919 |
RT_RNaseH_2 | Domain | 673 | 771 | 1.7e-20 | 73.6 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057791149.1 |
Pfam | PF17917 |
RT_RNaseH | Domain | 700 | 800 | 1.7e-14 | 54.5 | RNase H-like domain found in reverse transcriptase |
XP_057791149.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 835 | 954 | 7.7e-10 | 39.5 | Reverse transcriptase-like |
XP_057791149.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 1043 | 1094 | 3.1e-10 | 40.8 | Integrase zinc binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。