Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000316`

染色体: Chr01 坐标: 6116304-6118072 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000316`
名称	SmilChr01G000316
描述	uncharacterized SmilChr01G000316
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	6116304 - 6118072 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009188`
GeneID	`131009188`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009188`
原始查询	`SmilChr01G000316`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792459.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792459.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792459.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792459.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057792459.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:6116362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B120,C41,C59
`Chr1:6116368`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	87	A14,A16,A19,A21,A24,A25,A5,A9,B100,B103,B107,B108,B112,B113,B115,B119,B121,B122,B123,B126,B128,B13,B133,B136,B137,B138,B139,B16,B18,B20,B25,B29,B3,B31,B33,B35,B40,B41,B42,B43,B48,B49,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B60,B61,B62,B68,B7,B72,B75,B79,B80,B93,B96,B98,C11,C15,C24,C3,C30,C36,C38,C43,C45,C46,C48,C49,C6,C62,C63,C67,C69,C76,C8,C80,C83,D1,D2,D4,D5,D6,D9
`Chr1:6116400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:6116435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B94,C34
`Chr1:6116444`	`C`	`CGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	B138,B20,B22,B57,B66,B72,B76,C41,C5,C68
`Chr1:6116445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B100,B106,B60,B71
`Chr1:6116453`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	29	A25,A7,A8,B1,B138,B140,B20,B22,B33,B39,B44,B57,B59,B66,B72,B74,B76,B79,B97,B98,C19,C40,C41,C5,C56,C59,C60,C68,D9
`Chr1:6116455`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B51,B53,C29,C59,C79
`Chr1:6116459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B90,B92
`Chr1:6116465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	C31,C6,D11
`Chr1:6116465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C31,C6,D11
`Chr1:6116478`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B21,C35,C52,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792459.1

419 aa

210

419

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 194-333 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792459.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	194	333	1.6e-25	90.6	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936476.1
ATGGATGATGAAGAGGAAGATACACCGATTAGTGAGAAGAAGAAGATAATGATGATGGTTATAGAGATGATGATGACTATTAGAATGGTGGGAGGAGTTTCTAGTGCGAGAGGTTTACGTGGGAGAGGAGGAGGTTCTAGTGGTAGGGGTGCTCCATCATCCTCAAACCCTACATCATCCACAGGATCAGATGGAGGGAATGTTGCATCTGTACGAGATATACAGCTGACTCATTCACCTTCATCTTCGGAATCGGTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009188
ATGGATGATGAAGAGGAAGATACACCGATTAGTGAGAAGAAGAAGATAATGATGATGGTTATAGAGATGATGATGACTATTAGAATGGTGGGAGGAGTTTCTAGTGCGAGAGGTTTACGTGGGAGAGGAGGAGGTTCTAGTGGTAGGGGTGCTCCATCATCCTCAAACCCTACATCATCCACAGGATCAGATGGAGGGAATGTTGCATCTGTACGAGATATACAGCTGACTCATTCACCTTCATCTTCGGAATCGGTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792459.1
MDDEEEDTPISEKKKIMMMVIEMMMTIRMVGGVSSARGLRGRGGGSSGRGAPSSSNPTSSTGSDGGNVASVRDIQLTHSPSSSESVPTAASEAPTTGRTTLIIRHGQLHPLGMVPGTVTKIFKQVQNPEGFNWKLTPPAIKTSYFEEFKKHFTWDPAIEADVYKLWLEVAARRYKDFIFDIKKKKNKRPSFIHEDHWPNWLKYWDYDEFKAKSEIAKKCRMSEPLGPGTGQVKHKGGSRSILQYAEDVAKRKGVEPTECF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器