Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000321`

染色体: Chr01 坐标: 6298110-6298676 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000321`
名称	SmilChr01G000321
描述	uncharacterized SmilChr01G000321
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	6298110 - 6298676 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009717`
GeneID	`131009717`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009717`
原始查询	`SmilChr01G000321`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=33.6; qcov=0.793; evalue=2.15e-20; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009717

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057793133.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057793133.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057793133.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793133.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793133.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:6298132`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C48
`Chr1:6298264`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B138,B55
`Chr1:6298264`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B138,B55
`Chr1:6298269`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B74
`Chr1:6298274`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:6298276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B3,C24,C46
`Chr1:6298277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr1:6298278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr1:6298286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr1:6298291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	B102,B22,B26,B53,B58,B83,C29,C59,C77,C79
`Chr1:6298332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr1:6298338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793133.1

188 aa

188

PEG10_N-capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 45-123 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793133.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	45	123	1.8e-11	45.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937150.1
ATGGAAGGTGCACCGAGAGGACGCGGACAAGGACGTGGTCGTGGTCGTGGACGCGGCAGGAGATTCATCCCTGAAGAGCCAATCCAACAAGTAGCACCAAATCGTACTGCTGAAGAAAAGTTTCGCAAGGAAAAGCCTTCGACTTTTGATGGACTGGGCGATCCCGCGGATGCCGAGAAATGGGTTAGGGTAGTGGAGCAAATTTTCAGCTACATCCGTTGCGATGACGAAGATAAAGTAACTTGTGCAATTTACCAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009717
ATGGAAGGTGCACCGAGAGGACGCGGACAAGGACGTGGTCGTGGTCGTGGACGCGGCAGGAGATTCATCCCTGAAGAGCCAATCCAACAAGTAGCACCAAATCGTACTGCTGAAGAAAAGTTTCGCAAGGAAAAGCCTTCGACTTTTGATGGACTGGGCGATCCCGCGGATGCCGAGAAATGGGTTAGGGTAGTGGAGCAAATTTTCAGCTACATCCGTTGCGATGACGAAGATAAAGTAACTTGTGCAATTTACCAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793133.1
MEGAPRGRGQGRGRGRGRGRRFIPEEPIQQVAPNRTAEEKFRKEKPSTFDGLGDPADAEKWVRVVEQIFSYIRCDDEDKVTCAIYQLVDEVDFWWESVRRTTTDEQWENFTWEDFKIELYEKYIPGCYRQKNHNEFWNLKQRAGTVTEYDRAFNQLSRYAPTLVDTDEKRAEKFRNGLRHEIAISLAT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器