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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000339

染色体: Chr01 坐标: 6938873-6941858 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000339
名称SmilChr01G000339
描述uncharacterized SmilChr01G000339
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向6938873 - 6941858 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016436
GeneID131016436
locus_tag-
NCBI NameLOC131016436
原始查询SmilChr01G000339

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016436

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801114.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057801114.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801114.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801114.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801114.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:6939056 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 A2
Chr1:6939073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B12,B15
Chr1:6939080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B46,C36
Chr1:6939097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B59,B98,C82
Chr1:6939099 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B80,D10,D9
Chr1:6939105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:6939108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B7,B91,C76
Chr1:6939114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,D9
Chr1:6939120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C76
Chr1:6939130 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 21 B123,B130,B135,B15,B44,B48,B5,B58,B72,B78,B80,B90,B91,C1,C16,C20,C36,C47,C76,C84,D10
Chr1:6939138 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C76
Chr1:6939147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A10,B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009099013.1
ATTTAATTAGTATACATCACATCTAATTGAAAAATCATTTCATCATCCACCGCCACCGGTGTGCTTCAATTTCTCTTCTCTTCCCTTCTCCTCGCCGACCACCCCCATCGGCGCCGCAGCTCCCTTCCACCTTCTCCGATACCACCTCCATTTCCCTCTCTCCCCCACGGCGATCTGACCTCCCGATGATTCGACCCACCGGATATGGCCGCGATGAGATTTACCCCTTTCACTCCGATGGCACCTCCATTTGCCTCCTC...
XR_009099015.1
AATTAGTATACATCACATCTAATTGAAAAATCATTTCATCATCCACCGCCACCGGTGTGCTTCAATTTCTCTTCTCTTCCCTTCTCCTCGCCGACCACCCCCATCGGCGCCGCAGCTCCCTTCCACCTTCTCCGATACCACCTCCATTTCCCTCTCTCCCCCACGGCGATCTGACCTCCCGATGATTCGACCCACCGGATATGGCCGCGATGAGATTTACCCCTTTCACTCCGATGGCACCTCCATTTGCCTCCTCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016436
ATGATTCGACCCACCGGATATGGCCGCGATGAGATTTACCCCTTTCACTCCGATGGCACCTCCATTTGCCTCCTCTCGGCGATCTGCCCCTTCCACCTTCTCCGACGCTTCCCTCTTCCGCCGGCGACGCCAGTCACCTCCACTCCCTCAACTGACACGCGCAGAAACAACAGTCCACCGCTTTCCTTGGGGTCGGCAAAATCGTCGGCTCTTCCCTCTCTTTCACGCAATACATGTCGTTCAACCTTGCCTCCCCTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801114.1
MIRPTGYGRDEIYPFHSDGTSICLLSAICPFHLLRRFPLPPATPVTSTPSTDTRRNNSPPLSLGSAKSSALPSLSRNTCRSTLPPLHEDSPLSLCCSRRLLCLDEQGSHPGLSQVKGESHTNSSCHRLRSRKLPMCSKTRRGPSFNLASPS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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