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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000342`

染色体: Chr01 坐标: 6981145-6988236 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000342`
名称	SmilChr01G000342
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	6981145 - 6988236 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016481`
GeneID	`131016481`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016481`
原始查询	`SmilChr01G000342`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62350
Arabidopsis	`AT1G62350` (AT1G62350) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842533] identity=78.2; qcov=0.892; evalue=1.07e-114; confidence=high
Rice	`Os03g0297700` - identity=69.4; qcov=0.835; evalue=6.24e-93; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057801172.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801172.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801172.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801172.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057801172.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:6984180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:6984226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B75,C11,C69,C71
`Chr1:6987546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801172.1

231 aa

116

231

PPR

PF01535 PPR 110-136 aa PF01535 PPR 144-170 aa

XP_057801176.1

231 aa

116

231

PPR

PF01535 PPR 110-136 aa PF01535 PPR 144-170 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801172.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	110	136	8.2e-08	32.7	PPR repeat
`XP_057801172.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	144	170	8.2e-08	32.7	PPR repeat
`XP_057801176.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	110	136	8.2e-08	32.7	PPR repeat
`XP_057801176.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	144	170	8.2e-08	32.7	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945189.1
AAAATCGCCGGTCGCGAGGGAGGTACACTAGTATATTATTATTCGCTCGATTGGATTACACACCCTTATTTCCCAGAATCCCAGTGTACTTCCAAATCAGAGAACCCTTCTCATCCGATGTTCCGCCTTCCTCCCTGCGCCACCGCCGCCGCCTCCACTACTTTTCCTGACTCCTCCGCCGTCCTACTCCGCAAAGATCGGAAACCCTCATACTCTATCTGAAAACCGCCGCCCCACCCGCAGAAGCCCCCTCCCTCCAG...

XM_057945193.1
AAAATCGCCGGTCGCGAGGGAGGTACACTAGTATATTATTATTCGCTCGATTGGATTACACACCCTTATTTCCCAGAATCCCAGTGTACTTCCAAATCAGAGAACCCTTCTCATCCGATGTTCCGCCTTCCTCCCTGCGCCACCGCCGCCGCCTCCACTACTTTTCCTGACTCCTCCGCCGTCCTACTCCGCAAAGATCGGAAACCCTCATACTCTATCTGAAAACCGCCGCCCCACCCGCAGAAGCCCCCTCCCTCCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131016481
ATGTGGCGTCTAGGGCGGAATCTACTACGGCACCAGCTGCATGTAAGGTACGCAGCGAGCGGGGCGGCATCCAGCCCGAGCCTGTCGATATGGCGGCGGAGGAAGGAGATGGGGAAGGAGGGATTGATGGTGGCGAAGGAGCTCAAGCGCCTCCAGTGCCACCCGGGGCGGTTCGACCGCTTCATGAAGGCTCATGTTTCCCGCCTCCTCAAGTCCGACCTCGTTGCGGTGCTTGCCGAGTTTCAGCGCCAAAACCTCGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057801172.1
MWRLGRNLLRHQLHVRYAASGAASSPSLSIWRRRKEMGKEGLMVAKELKRLQCHPGRFDRFMKAHVSRLLKSDLVAVLAEFQRQNLVSLSMKLYDVVRKEIWYRPDMFFYRDMLMMLARNKKVDEARMVWNDLKGEEVHFDQHTFGDLVRAFLDNGLPDEAMWIYNEMRSSPDRPLSLPYRVILKGLISYPELREKVKDDFADLFPDMIVYDPPEDLFSDDGHSVTECEED

XP_057801176.1
MWRLGRNLLRHQLHVRYAASGAASSPSLSIWRRRKEMGKEGLMVAKELKRLQCHPGRFDRFMKAHVSRLLKSDLVAVLAEFQRQNLVSLSMKLYDVVRKEIWYRPDMFFYRDMLMMLARNKKVDEARMVWNDLKGEEVHFDQHTFGDLVRAFLDNGLPDEAMWIYNEMRSSPDRPLSLPYRVILKGLISYPELREKVKDDFADLFPDMIVYDPPEDLFSDDGHSVTECEED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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