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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000343`

染色体: Chr01 坐标: 7004744-7008154 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000343`
名称	SmilChr01G000343
描述	uncharacterized SmilChr01G000343
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	7004744 - 7008154 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010680`
GeneID	`131010680`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010680`
原始查询	`SmilChr01G000343`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28.1; qcov=0.383; evalue=5.66e-44; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=31.2; qcov=0.601; evalue=1.1e-89; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794358.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057794358.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057794358.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794358.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794358.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:7004752`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,D2
`Chr1:7004777`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,D4
`Chr1:7004779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B131
`Chr1:7004796`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B63,B96,C19,C59
`Chr1:7004796`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B63,B96,C19,C59
`Chr1:7004805`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B110,B114,B16,B30,B33,B36,B41,B83,C18,C32,C53,D4
`Chr1:7004854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B85,B87,D9
`Chr1:7004866`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B33,B83,B88,C20,C61,D4
`Chr1:7004880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B122,B82,C60,C61
`Chr1:7004894`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C28
`Chr1:7004898`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B131,B9,C26
`Chr1:7004898`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B131,B9,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794358.1

1136 aa

568

1136

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 257-517 aa PF13966 zf-RVT 775-854 aa PF13456 RVT_3 984-1103 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794358.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	257	517	5.8e-32	111.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057794358.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	775	854	6.7e-18	65.8	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057794358.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	984	1103	3.1e-14	53.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938375.1
ATGTGGACGTCTCATCCGAACTTCATGGATGTCGTGGCTGATTCTTGGAATATGGGAGTCGATGTGCGATGCCCTATGTTATCTGTTATGTTGAAATTGAAGCGCTTGAAGGGGGTTTTACGTAACTGGAACAAGTCGGTGTTTGGGAACGTGGATTCTGCCATCGACCAAACTCAAAGAGACTTGGAAGATATTCAGGCGACTATTGCTGATTTGGGCTATAATGATAGCAGGTTTGATGCGGAAGTCAGTTGTGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010680
ATGTGGACGTCTCATCCGAACTTCATGGATGTCGTGGCTGATTCTTGGAATATGGGAGTCGATGTGCGATGCCCTATGTTATCTGTTATGTTGAAATTGAAGCGCTTGAAGGGGGTTTTACGTAACTGGAACAAGTCGGTGTTTGGGAACGTGGATTCTGCCATCGACCAAACTCAAAGAGACTTGGAAGATATTCAGGCGACTATTGCTGATTTGGGCTATAATGATAGCAGGTTTGATGCGGAAGTCAGTTGTGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794358.1
MWTSHPNFMDVVADSWNMGVDVRCPMLSVMLKLKRLKGVLRNWNKSVFGNVDSAIDQTQRDLEDIQATIADLGYNDSRFDAEVSCEAKLNRFLSQKSSLLQQKSRVTWLTDGDKNTSFFHNMLKFRKDKLHIGHLRIGNDIVYDSNVIEQHIIGHFSSLFTNGDSHVVELAAIEANVDMVITEEQNRGLIVIPDDMEITAAVFSLDGKSSPGPDGFSGLFFQNSWSLIKNDMIKAVQSFFLHTSLPAGCNSNTLILIPKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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