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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000346

染色体: Chr01 坐标: 7059764-7061098 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000346
名称SmilChr01G000346
描述uncharacterized SmilChr01G000346
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向7059764 - 7061098 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010775
GeneID131010775
locus_tag-
NCBI NameLOC131010775
原始查询SmilChr01G000346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057794450.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057794450.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057794450.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057794450.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794450.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:7059769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,C16,C30
Chr1:7059771 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 10 B139,B56,B57,B99,C16,C22,C34,C38,C4,C85
Chr1:7059811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,C13,C82
Chr1:7059815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B77,D7
Chr1:7059827 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 50 A14,A5,A6,A8,B105,B107,B114,B118,B12,B123,B124,B129,B131,B135,B15,B17,B21,B28,B29,B3,B32,B37,B38,B45,B62,B66,B67,B71,B81,B83,B86,B93,C1,C10,C19,C24,C26,C27,C40,C43,C47,C49,C55,C56,C62,C65,C66,C7,C75,C78
Chr1:7059830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:7059833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:7059837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B2,B20,B98,C61
Chr1:7059864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:7059926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr1:7059933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B55
Chr1:7059935 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 32 A2,A4,B111,B112,B118,B124,B131,B137,B139,B15,B19,B23,B26,B36,B57,B65,B70,B74,B76,B77,B79,B96,C10,C14,C21,C22,C23,C34,C39,C45,D5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938467.1
ATGTTGCTTCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACAAAGATCTTTTGTTCAACGCGGAGATTGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACAGCAATAGACGCAGGGCAGAACAAGAAGCACGGGCAAGAGAGAGGCAGTTAGAAGCAGAGAGAGAGATGGCAGAAATTCCAGAACCACAGAATGAAAACGCCAACAAGACTCTTCGAGACACAATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010775
ATGTTGCTTCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACAAAGATCTTTTGTTCAACGCGGAGATTGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACAGCAATAGACGCAGGGCAGAACAAGAAGCACGGGCAAGAGAGAGGCAGTTAGAAGCAGAGAGAGAGATGGCAGAAATTCCAGAACCACAGAATGAAAACGCCAACAAGACTCTTCGAGACACAATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794450.1
MLLRRTRSAGNKDLLFNAEIERLVRLNNSNRRRAEQEARARERQLEAEREMAEIPEPQNENANKTLRDTMFPNNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMAYRTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGSGEILYEYWGRFKQMLAKCPQHQIPDHDLIRYFVGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSVAEAFKLIAYMAEESRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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